医院在计算奖金时，应该从每个部门的净收入中扣除每个员工的工资总额吗？工资算支出吗？

《劳动法》50规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠劳动者工资，
1、用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

根据下列法律规定，如果存在扣罚奖金的情况，可以依法申请劳动仲裁。《劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

可以去劳动仲裁，如果单位克扣你工资去劳动仲裁对你是有利的。而且提起仲裁时还可以根据自己的实际情况提起别的诉求来让单位和你和解，比如是否和你签订了劳动合同，如果没有的话在一年内是可以要求双倍工资补偿的，还比如是不是和你上了社保。
单从克扣工资你也是可以获得支持的，前提是一定要把证据准备好。