离职员工起诉公司，最后结果是合同不是本公司合同，败诉！是怎么回事？

申请劳动争议仲裁。
工资是用人单位依照法律法规的规定和劳动合同的约定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬。根据劳动部《工资支付暂行规定》第九条和各地规定，劳动合同依法解除或者终止时，用人单位应当在解除合同时一次性结清工资，工资应当支付到离职之日止，一般应在3日内结清工资。

用人单位不依法结清工资的，申请劳动争议仲裁。

劳动部
《工资支付暂行规定》
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

《深圳市员工工资支付条例》
第十三条用人单位与员工的劳动关系依法解除或者终止的，支付周期不超过一个月
的工资，用人单位应当自劳动关系解除或者终止之日起三个工作日内一次付清；支
付周期超过一个月的工资，可以在约定的支付日期支付。

第十四条 员工工资应当从用人单位与员工建立劳动关系之日起计发至劳动关系解除或者终止之日。
劳动关系解除或者终止时，员工月度奖、季度奖、年终奖等支付周期未满的工资，按照员工实际工作时间折算计发。
第五条　发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

劳动者和用人单位建立劳动关系，用人单位倒闭，劳动者依法申请劳动仲裁主张经济补偿金或者其他事项，如果劳动者败诉，对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。　　用人单位若拖欠劳动者的工资应当依法支付给劳动者。　　《工资支付暂行条例》　　第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。　　第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。　　第十四条用人单位依法破产时，劳动者有权获得其工资。在破产清偿中用人单位应按《中华人民共和国企业破产法》规定的清偿顺序，首先支付欠付本单位劳动者的工资。

劳动者因工作原因受伤离职的，应当申请工伤认定，经认定为工伤，可以获得工伤赔偿。
提出工伤认定申请应当提交下列材料:
(一)工伤认定申请表;
(二)与用人单位存在劳动关系(包括事实劳动关系)的证明材料;
(三)医疗诊断证明或者职业病诊断证明书(或者职业病诊断鉴定书);
(四)工伤认定申请表填表说明