离婚几年了，由于两个小孩的户口在她户口上，现在双方自愿把户口上在爸爸户口上。请问应该怎么走程序

一般有两个孩子的话离婚是一方一个孩子，如果小于2周岁的跟母亲，成年的孩子可以自己选择。如果您想争取两个孩子的抚养权的话就要尽可能的在起诉时证明自己的条件很适合孩子成长。
根据《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》“人民法院审理离婚案件，对子女抚养问题，应当依照《中华人民共和国婚姻法》第二十九条、第三十条及有关法律规定，从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。
”

根据《婚姻登记条例》规定：
第十条 内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。
中国公民同外国人在中国内地自愿离婚的，内地居民同香港居民、澳门居民、台湾居民、华侨在中国内地自愿离婚的，男女双方应当共同到内地居民常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。

对于两周岁以上的未成年子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，优先考虑：
1.已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
2.子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
3.无其他子女，而另一方有其他子女的；
4.子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈传染病或其他严重疾病的，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。 父母离婚时，如何确定子女的抚养关系，应该从有利于子女身心健康，保障子女的合法条件等具体情况解决。我国相关司法解释还规定，父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或随母生活的优先条件予以考虑。 对于你的情况，孩子后期一直在外婆家，又多为你照顾，父亲很少照顾孩子，除非孩子父亲能举出你不宜和孩子共同生活的情况，否则法院会支持孩子归你，户口可以依法解决，这个不是大问题。