我在工厂工作了三个月，离开后还有两个月。我的工资已经超过两个月了。

如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。　　
一、如果是给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资：　　
1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；　　
2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。　　
二、如果是给个人工作，不算劳动关系，可以直接去法院起诉该个人老板，要求支付劳动报酬。　　《劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：　　
（一）因确认劳动关系发生的争议；　　
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；　　
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；　　
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；　　
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；　　《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。　　《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

劳动者辞职到期后,用人单位拒绝支付其工资的,劳动者可以申请劳动仲裁,要求用人单位支付被拖欠的工资。 申请劳动仲裁可以去当地人力资源和社会保障局。解除劳动合同是《劳动合同法》第三十七条和第三十八条法律赋予劳动者的权利，你想解除劳动合同，不需要向用人单位申请，并由用人单位批准。
解除劳动合同是你的决定，你只需要依法通知用人单位，并证明你书面通知到了，那么你解除劳动合同的程序就是符合《劳动合同法》规定的，就不会出现由你承担《劳动合同法》第九十条规定的赔偿责任。
如果用人单位有《劳动合同法》第三十八条所述的情况之一，你不仅无需提前30天，还可以根据《劳动合同法》第四十六条规定要求经济补偿。如果用人单位没有侵犯你的合法权益，你提出解除劳动合同是没有经济补偿的。
只要没有《劳动合同法》第25条的内容，约定由劳动者承担的违约金都是不合法的。

按照法律规定，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这里所说的一个工资支付周期，应该是指前后两个工资发放日之间的时间。
　　 　《工资支付暂行规定》第十二条规定，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准;若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。