公司工作5天，没有发工资，签订保密合同，合法吗？

应该找劳动纠纷调解、仲裁机关，或者向法院起诉。
不发工资属于劳动纠纷。
《劳动法》具体规定了解决劳动纠纷的途径：
第七十七条【劳动争议处理】用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
公司效益不好也不能拖欠工资，而且是拖欠了半年的工资，严重的违反了劳动法关于工资方面的具体规定：劳动者提供劳动，应及时足额的支付劳动报酬。建议去当地的劳动监察部门去投诉，索要拖欠的工资，或者搜集好相关的证据，去申请劳动仲裁，请求支付拖欠的工资及其他的相关待遇。

《劳动合同法》第八十五条规定
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；
劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金
《工资支付暂行规定》第七条规定
工资至少每月支付一次，本月工资在第三个月发放属于违法，如1月份工资在3月份发放就属于违法行为，违法行为发生在两年之内的，可以向劳动保障部门投诉。
如是离职结算，劳动者在做好工作交接后15日内和企业结清工资。

员工保密协议是指用人单位针对知悉企业商业秘密的劳动者签订的要求劳动者保守用人单位商业秘密和与知识产权相关的保密事项的协议。一般包括对商业秘密保密和竞业协议两部分。
　　劳动者履行对商业秘密保密义务的期限较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在。
　　竞业协议就是《劳动合同法》规定的竞业限制条款，其期限一般不得超过二年。
　　根据《反不正当竞争法》第10条第3款的规定，商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
　　根据《劳动合同法》
　　第二十三条　用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
　　对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
　　第二十四条　竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
　　在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。