公司员工因病请假三个月，工资应该怎么发？

员工请假工资怎么扣的回答如下：
一、病假：　　
1. 病假证明必须由公司指定的正规医院开据;　　
2. 员工拿回公司的病假凭证必须包括：　　1) 二级以上指定医院医生的病情诊断书;　　2) 二级以上指定医院医生的病假建议书。　　
3. 如果公司发现病假证明不合格将视为事假扣除该员工当天相应的工资及全勤奖;如有造假行为且情节严重者公司将予以开除;　　
4. 员工病假每月审核期间为本月18日至下月17日：　　1)每月请病假不能超过1天　　2)每月累计病假1≤2，扣除全勤奖100元　　3)每月累计病假2，扣除全勤奖200元　　其余工资严格按照公司人事部《员工守则》《员工手册》中第
2.5款关于病假工资规定的扣除比率执行(详细规定见公司《员工守则》《员工手册》)。　　操作规则：员工必须在休假后一周内将休假单递交行政人员登记，如果超过一周(指从休假回　　来当天开始计算)仍未交假单的公司一律按事假处理从当月工资中扣除。　　
二、事假(每月计算时间段：本月18日至下月17日)：　　
1. 任何请事假的员工在本月将没有全勤奖金;　　
2. 经公司批准员工可以休不带薪事假，但一年至多不可超过十个工作日;超过5天的事假必须提前一周提出;　　
3. 如果员工事假超过公司规定最大期限以至于影响到公司正常工作公司将视其自动离职。　　
4. 薪金扣除公式为(基本工资+补贴)÷
21.75×事假天数。　　
三、年假：　　公司将给予员工年假以使他们在工作之余获得充分的休息时间，公司鼓励大家充分利用自己的年假进行休息。　　享受带薪年假条件如下：　　
1、所有公司员工在服务期满一年后均可享有12个工作日的年假，服务年限每增加一年，年假可在原有基础上增加一个工作日，年假最多不超过20个工作日，试用期内员工无权享受年假。　　
2、在服务的第一年，员工可享受的年假应根据该年的雇用时间按比例计算：　　工作日数÷365天×12天　　
3、员工雇用终止时，未休年假应根据该年的雇用期限按比例计算平均工资：　　月基本工资÷
21.75×剩余年假天数　　休年假必须提前申请：　　
1、请假≤1的申请，必须提前1个工作日提出;　　
2、请假少于连续五天的申请，必须提前3个工作日提出;　　
3、请假连续五天的申请，必须提前一周提出;　　
4、请假超过连续十个工作日的申请，必须提前两周提出。　　操作规则：任何员工休年假，必须填写正规的年假申请单，并提交部门经理批准，再递交行　　政人员登记，公司不接受任何形式的补假单请求(特殊情况除外)。(员工的年假单主管交、主管的年假单经理交。)

涉及情况很多，需要具体情况具体分析。例如：
1、根据《劳动合同法》第四十条第一项规定：劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。



2、根据《劳动合同法》第四十六条第三项规定：用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。

职工病假工资按不低于当地最低工资标准80%由用人单位自主确定支付办法。根据《劳动法》第四十七条、劳动部《关于贯彻执行＜中华人民共和国劳动法＞若干问题的意见》（劳部发〔1995〕309号）第59条规定，用人单位职工病假工资，由用人单位按照不低于当地最低工资标准80%依法自主确定支付办法。
《劳动法》第四十七条　用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。劳动部《关于贯彻执行＜中华人民共和国劳动法＞若干问题的意见》劳部发〔1995〕309号59．职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。