如果雇员欠公司钱,公司直接从工资中扣除,扣除工资基本上等于实际工资,不知道是否可以

关于工资税前扣除，只有经过税务机关确认的补贴，才可以按照新规进行税前扣除。
工资薪金税前扣除标准：
国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握：
1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；
5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。

欠公司钱需要归还，公司可以按照《民法通则》关于债务的相关规定，到法院起诉当事人。未签订劳动合同的，当事人可以辞职，并要求辞职时的经济补偿金和双倍工资。《劳动合同法实施条例》第七条：用人单位自用工之日起满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，自用工之日起满一个月的次日至满一年的前一日应当依照劳动合同法第82条的规定向劳动者每月支付两倍的工资，并视为自用工之日起满一年的当日已经与劳动者订立无固定期限劳动合同，应当立即与劳动者补订书面劳动合同。
《劳动合同法》第47条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

用人单位的工人发生工伤，用人单位扣工人集体工资作为赔偿，是违法的，用人单位的行为属于一种克扣工资的行为，对于用人单位无故克扣工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳动仲裁。
1、劳动者可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；
2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资。
如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。