公司必须首先签合同工资3500，然后签工资变更协议。 之后，如果工资更加协商支付的话，可以申请劳动仲裁吗

是和用人单位签劳动合同，还是和劳务派遣公司签合同，这个要根据自己的情况来决定，一般与用人单位签订劳动合同是有利的。
一、不要去和劳务派遣公司签。单位之所以这么做，就是因为使用劳动派遣是对用人单位极大的有利，而且劳动者极大的不利。
第一，是为了规避新劳动法中对于干满十年要签“无固定期限合同”的规定，很多用工单位，解除了员工的合同，然后要求这些员工与劳务派遣公司签约，最后在由劳务派遣公司将这些员工派遣到原用工单位工作。
用工单位摇身一变成了和这些员工没有劳动关系的一方。
第二，是出于经济利益。增加正式员工就意味着正式员工的工资总额就要有更多人来分摊。最好的办法就是使用劳务派遣，因为使用劳务派遣员工不算企业的正式员工，而且人工费用在财务上可以列入“代办费”“工程费”等其他各种名目里，根本不会占用正式员工的工资总额。
第三，就是为了规避法律责任。因为用工单位如果使用了劳务派遣，那么其雇主身份是很模糊的，只要身份一模糊，责任就模糊。如果出现事故或者是纠纷，就可以和劳务派遣公司两边相互推诿。
（现在你明白为什么只要哪一出什么事就是“临时工”出来顶罪了吧，这真不是骗人的，而是劳务派遣的问题。）
第四，是利于管理。因为用工单位与被派遣员工没有劳动合关系，随时可以将派遣员工退回。
派遣员工由于随时面临失业的压力，自然工作努力。

拖欠或扣发工资违法，员工可以要求全额发放，并支付拖欠部分25%的经济补偿金。 不签定劳动合同是违法行为，单位应当支付双倍工资，最高为11个月。 不缴纳保险属于违法行为,员工可以要求单位补缴或作相应经济补偿。
否则可以向劳动监察大队举报. 证据方面能够证明劳动关系即可，工资条、打卡记录、同事证言等都可以使用。 建议协商解决,协商不成可以申请劳动仲裁,

《劳动合同法》 第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同： 　　
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的； 　　
（二）未及时足额支付劳动报酬的； 　　
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的； 　　
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的； 　　
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的； 　　
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。 　　用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。 第四十六条　有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿： 　　
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的； 第八十二条　用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。 用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。 依照第三十八条以用人单位违反法律规定没有与你签订合同为由要求解除合同，依照第四十六条规定要求用人单位支付四个月的经济补偿金，依照第八十二条第一款规定要求支付11个月的双倍工资，即在要求四个月的经济补偿金的同时要求补足用工第一年第二个月到第十二个月期间11个月的工资。此外还可以要求补足四年期间的社保费。 综上：你可以要求用人单位支付用工第一年的第二个月到第十二个月的工资补偿，四个月的经济补偿金，交足四年的社会保险费