如果工厂员工离开，他们会扣款吗？他们将如何扣除旷工的钱？

员工旷工一般是指未向部门和公司主管领导书面申请并经批准者，或未按规定时间请假，或违反病、事假规定，或违反公司制度中其它有关规定等行为。 　　公司所有的规章制度，都要在合法的前提下制订，但这些规章制度特别象您所列的，涉及到员工利益的规定，必须要经过职代会或职工大会讨论通过，并公告，否则是无效的。
　　依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
　　在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。 　　用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
　　当然，如违法的规章制度，即使这样做了，也是无效的。

员工擅自离职怎么处理，　　劳动者擅自离职是指其未向用人单位提出口头或书面辞职报告，而随意离开所在单位及其所担任的工作职务或岗位的违法违约行为。　　因此，用人单位应当在教育劳动者自觉守法、守约的同时还应依据《劳动合同法》第4条和第39条第2项的规定制定好内部规章制度，对劳动者擅自离职的行为作出限制性和处罚性的规定。　　这种违法的行为往往会给用人单位造成经济损失，因此用人单位还应依据《劳动合同法》第17条第2款和第90条的规定，在劳动合同中与劳动者约定针对擅自离职行为的损失赔偿条款，能计算出损失额的，可要求其按实际损失额赔偿，无法计算损失额的，可约定一个具体的索赔数额。还可依据该法第91条的规定，要求招用该擅自离职、尚未与本单位结束劳动关系的劳动者的用人单位承担连带赔偿责任。　　相关知识延伸阅读：违约离职会有什么后果　　《劳动法》第102条规定：劳动者违反本法规定的条件解除合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任。根据劳动部1995年5月10日发布的《违反amp;lt;劳动法amp;有关劳动合同规定的赔偿办法》第4条规定，劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同应赔偿用人单位下列损失：　　
(1)用人单位招收录用其所支付的费用。　　
(2)用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理。　　由于用人单位对劳动者进行职业培训系执行法定义务，加之劳动者经培训后通过劳动已为单位创造了一定价值，因此，培训费用的赔偿应当依据培训费的总额及劳动合同期限和劳动者为用人单位实际服务的时间来合理确定数额。　　
(3)对生产、经营和工作造成的直接经济损失。即用人单位既得利益的损失。　　
(4)劳动合同约定的其他赔偿费用。　　此外，根据劳动部的有关规定，如果用人单位招用尚未解除劳动合同的劳动者，对原用人单位造成经济损失的，除该劳动者承担赔偿责任外，该用人单位应当承担连带赔偿责任。其连带赔偿的份额应不低于对原用人单位造成的经济损失总额的70%。

1、劳动法对员工旷工是没有处理依据的，如果因旷工造成了用人单位损失的，可以要求赔偿的。
2、《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
3、经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。