公司的工资在三个月内增加了几百美元，总共超过2000美元。公司现在扣除它合法吗？

用人单位的工人发生工伤，用人单位扣工人集体工资作为赔偿，是违法的，用人单位的行为属于一种克扣工资的行为，对于用人单位无故克扣工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳动仲裁。
1、劳动者可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；
2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资。
如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。

用人单位是否可以扣发劳动者的工资，要视具体情况而定。　　我国劳动法第50条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这一规定是对劳动者工资报酬权的法律保护。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由，扣减劳动者的应得工资。
用人单位克扣劳动者工资的行为，有两方面的标准，一是看劳动者是否提供了正常的劳动;二是看用人单位是否有正当的理由。如果劳动者按照劳动合同的约定，提供了无过错的正常劳动，而用人单位又不具有扣除工资的法定理由的，就属于克扣劳动者工资。
克扣劳动者工资的行为是违法行为，是对劳动者工资权的侵犯。

有关工资拖欠的法律条文有：《劳动合同法》第30条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
《劳动合同法》第38条：用人单位对劳动者未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。
《劳动法》第91条：用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金：
（1）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（2）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（3）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（4）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。” 可以看出，无故拖欠职工工资，资方要支付拖欠工资、补偿金（25%拖欠工资额），必要时还要支付赔偿金（但要以造成实际损害为前提）。