我公司有员工劳动合同丢失，已经给了员工社会保障，在社会保障机构的合同是代表合同签订的，单位经理也可以证明给她签订合同，还有一份工资证明，员工缺勤几个月，现在起诉单位双薪补偿，公司是否会不支付员工双薪补偿？

根据《劳动法》第44条、劳动部《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外加班加点的，事后应尽量给予同等时间的补休。确实不能补休的，应按以下标准支付加班加点工资：　　
(1)依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间(加点)的，按照劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资。　　
(2)依法安排劳动者在休息日工作的，按照劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付工资。　　
(3)依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。　　实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。　　经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。　　实行提成工资、包干工资等工资形式的劳动者，由用人单位安排延长工作时间的，均按照实行计件工资制的劳动者加班加点工资的支付办法和标准支付。

1，单位未按时缴纳社保，可以要求单位补缴工作期间的社保。没有双倍工资的赔偿。
2，如果单位在劳动者入职一个月内未签订劳动合同，超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，劳动者可以要求双倍工资补偿。
（1）《劳动合同法》规定：
第八十二条　用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
（2）《社会保险法》规定：
第八十六条 用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。

根据劳动部的《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》，对解除劳动合同的经济补偿的具体办法是：经劳动合同当事人协商一致，由用人单位解除劳动合同的，用人单位应根据劳动者在本单位工作年限，每满1年发给相当于1个月工资的经济补偿金，最多不超过12个月。工作不满1年的按1年的标准发给经济补偿金。