在大楼内工作三个三个月，雇员因不适合大楼管理系统而被自动要求离开大楼。大楼的费用是每月27号，支付1号，雇员每月扣留50元。

《劳动法》规定，正式签订劳动合同的员工辞职，需提前一个月向公司提出申请。你辞职报告提前一个月上交，公司不配合办理离职手续，公司是无权扣你工资的。因此如果员工能够依法办理离职手续，则在这种情况下公司如果不配合并且扣工资，你有权通过法律途径是自己的权利得到救济。

劳动者自动离职，用人单位克扣劳动者一个月的工资是违法的，如果因为劳动者的离职给用人单位造成一定损失的，用人单位是可以要求劳动者进行一定赔偿的。
对于用人单位无故克扣其工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉或者申请劳动仲裁。

原劳动部办公厅《关于自动离职与旷工除名如何界定的复函》（劳办发[1994]48号）曾经明确，“自动离职”是指职工擅自离职的行为。即职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。
如辞职未准擅自离职；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等。职工没有请假，三天没有上班，是什么？原劳动部曾经规定，旷工是指非不可抗力因素，职工既不请假，或者请假未被批准，而不出勤。
职工不请假3天未上班，应属于旷工。但旷工并非自动离职。用人单位规定旷工3天算自动离职与法律法规精神相悖，属于无效规定。但是，用人单位可以通过民主程序，依法制定规章制度，规定旷工3天，属于“严重违反用人单位规章制度”，经催告不复工可以解除劳动合同。
工资是用人单位按照法律法规的规定和劳动合同的约定支付给劳动者的工资报酬，劳动者付出了劳动，就有获得劳动报酬的权利。用人单位因为劳动者旷工解除合同，应当在解除合同时按出勤一次性结清工资。
对于劳动者旷工，可以扣除当天工资，可以要求其因为旷工给用人单位造成的有证据证明的直接经济损失进行赔偿，但不得乱扣工资。