你好，妻子因为外遇被我赶出去一年多了，孩子们还没管好孩子，六个月后她离开的时候，还想带着结婚证书离婚。 我该怎么办？

协议离婚必须办理离婚登记。离婚登记是夫妻双方自愿离婚的必经程序。他是由婚姻登记机关依照行政程序办理的，其步骤如下：
　　
（1） 申请
　　当事人协议离婚时必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记，不得委托他人代理。否则，婚姻登记机关不予受理。我国办理离婚登记的机关，在城市是街道办事处或市辖区、不设区的市人民政府的民政部门，在农村是乡、民族乡、镇的人民政府。并按照婚姻登记机关的要求填写《离婚申请书》。
　　
（2） 审查
　　婚姻登记管理机关的工作人员在接受当事人离婚申请时，应把婚姻法及《婚姻登记管理条例》的规定向当事人讲清，而双方当事人应如实回答婚姻登记管理人员的提问。工作人员应查明：①离婚申请人是否是合法夫妻；②离婚双方申请人是否具有完全民事行为能力；③离婚是否确实出于双方自愿；④对子女问题的处理是否妥当；⑤对财产问题的处理是否妥当，等等。
　　
（3） 登记
　　婚姻登记管理机关经过审查后，对符合婚姻法和《婚姻登记管理条例》的离婚申请，予以登记并发给《离婚证》，注销《结婚证》。
　　男女登记离婚后，一方对已发生法律效力的离婚协议及子女和财产问题的处理翻悔时，应当向原婚姻登记机关申请解决。

双方没有办理结婚登记，双方关系不受法律保护，不属于法律上的夫妻关系，不能按照婚姻法的规定处理。双方可以协商处理财产和孩子抚养问题，协商不成有争议的，可到法院诉讼处理。
经法院确认双方属于以夫妻名义居住生活的同居关系的，可根据民法通则（明日将为民法总则）及相关司法解释处理，即除去双方能举证属于自己所有的财产外，按照共有财产处理，一般应均分。
孩子的抚养权和抚养费问题由法院根据双方的经济能力、生活环境及孩子的成长需要等综合情况确定。孩子处于哺乳期的，应由其母亲抚养。

男方可向法院起诉离婚。

根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释（法释〔2001〕30号）：
第四条男女双方根据婚姻法第八条规定补办结婚登记的，婚姻关系的效力从双方均符合婚姻法所规定的结婚的实质要件时起算。
第五条未按婚姻法第八条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到人民法院要求离婚的，应当区别对待：
1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理；
1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。

最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释
(二)（法释[2003]19号）规定：

第一条　当事人起诉请求解除同居关系的，人民法院不予受理。但当事人请求解除的同居关系，属于婚姻法第三条、第三十二条、第四十六条规定的“有配偶者与他人同居”的，人民法院应当受理并依法予以解除。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。