2007年公司进入公司时，公司要求将个人大学毕业证书交给单位，单位使用，现在员工离职，要求退回个人毕业证书，现单位员工说不，是当时的另一个个人资本，离开了。那么不要说如何处理，请问我如何保护自己的利益。

劳动者离职可能会发生劳动纠纷，对于这些劳动纠纷，当事人可以协议解决，协商不成，可以申请劳动仲裁。申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。
仲裁申请书应当载明下列事项:
(一)劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所、通讯地址和联系电话，用人单位的名称、住所、通讯地址、联系电话和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务;
(二)仲裁请求和所根据的事实、理由;
(三)证据和证据来源，证人姓名和住所。

员工离职赔偿，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。　　劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。　　很多朋友遇到用人单位、公司拖欠离职补偿怎么办?劳动者如何维权?　　举例解答：　　我是2011年8月入职这家公司，当时由于公司未在深圳正式注册，以香港公司的名义给我们签定了一份合作合同。2012年3月深圳公司正式注册成立，让我们签解除香港公司的合同再签订一份从2012年5月开始的深圳公司劳动合同。2012年12月29月公司以无理理由书面通知我于12月31日解除劳动合同，我于2013年1月4日办理了离职手续，并有盖章的离职交接清单，双方口头协商补偿
1.5个月工资。但至今公司以账上没钱一直没付我12月工资和
1.5个月的赔偿金，请问我该怎么办?另外，我的加班费和年假该如何索要?　　
1、离职补偿问题：离职补偿工作年限计算是从2012年5月到2012年12月（劳动合同签订时间到解除劳动合同签订时间），涉及8个月，法定补偿为1个月工资，加上未提前通知，大致的补偿在2个月工资左右。现在公司赖着不给，你可以去劳动仲裁要求认定解除违法，要求支付2倍经济补偿金，即2个月工资。但是同时就不能再要求支付未提前通知的1个月工资了。2012年5月之前的工作年限属于与香港公司建立的雇佣关系，无法要求深圳公司支付。　　
2、加班问题：你需要自行准备加班的证据，如果你有证据可以表明单位有你加班的证据，你也可以提出。未依法支付加班费的，可以要求单位补支付。　　
3、年休假问题：你未提到2011年8月之前是否有工龄，暂且当没有。从2012年8月起，你工作满1年，有权休年休假，但是因为不全年，所以年休假需要折算。离职时未休年休假没有明确依据要在工资外额外给2倍工资作为补偿，所以只能按1倍计算。

用人单位违反规定扣押劳动者的毕业证、学位证，劳动者可向劳动行政部门投诉。由劳动行政部门依法责令用人单位限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。《劳动合同法》第八十四条　用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。