假如在工厂上班自己自动离职，没申请办理离职单加工厂会发职工工资吗

如果是自动离职，说明是未经过公司同意擅自离职。虽然自动离职，根据的出勤还是可以核算你的离职工资，但是公司同样也有权利去追究你的违约责任或是因你离职给公司造成的损失。
在员工依法办理离职还交接手续后，用人单位必须为出具解除劳动合同证明（即离职证明），同时劳动者的工资、押金和经济补偿是必须结清。用人单位不得随意扣减或者拖欠，当事人可以在办理离职手续时要求结清。
否则当事人可以去劳动局申诉或者举报用人单位的违法违规行为。
双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

员工自请辞职的，根据《劳动合同法》第三十六条、第三十七条的有关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同，但劳动者需提前三十日以书面形式通知用人单位，在试用期内的，需提前三日通知用人单位。因此，对于自请辞职者，应注意审查其是否在法律规定的时间内提出，同时，要求其填写《离职申请单》，经用人单位同意后可办理离职手续。
这里，应特别注意的是，员工在职期间造成用人单位损失需要赔偿的，应在员工离职时一并结清赔付事项。

辞职即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为。辞职一般有两种情形，一是依法立即解除劳动关系。如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求;二是根据职工自己的选择，提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同关系。
　　根据以往的劳动仲裁案例，员工这时需要注意两方面的事情：　　一方面，一定要以“书面”形式通知企业。　　用邮件的方式辞职是不行的，邮件通常没有证据的作用，且邮件保留在企业的服务器里，离职员工不容易提取证明。
　　员工这时需要书面形式的辞职信，在纸质的辞职信上，需要有员工亲笔签名，辞职信一般交给直接上级或企业的人力资源部。　　辞职信给了企业，员工怎么能证明自己已经按劳动法的要求，用“书面”形式通知企业了呢?员工这时能做的，只能是在递交书面辞职信的时候，跟企业要一个收到辞职信的回执。
　　如果这个不太容易办到，那只能用人证，人证在劳动仲裁的时候可能有用，在法庭通常效用不高，因为人证一般是企业的同事，法庭可以认为是利益相关者。　　另一方面，要办理工作交接。
　　按劳动法，员工虽然到30天的时候可以不再上班，但一定要办理工作交接。当然工作交接是企业安排的，如果企业不安排，也最好写一份工作交接清单，用书面的形式，对工作及自己工作时间的安排进行说明，递交给直接上级或人力资源部，一式两份，自己保留一份企业盖章或相关人员签字的。
　　不办理工作交接，企业可以暂扣工资，直到交接后再发放，一直不交接就一直不发。企业还可能会在员工转档案，转社保，开离职证明时，为难员工。虽然扣留档案与社保不符合劳动法规，可参考：辞职时要考虑的四个法律问题(点击打开)，但经常有企业这么做，打官司会导致离职成本的增加。
　　辞职时，作为员工把该做的事情做好，与企业保持协商与沟通的态度，大部分企业都会予以合法的对待。对于少数不守法的企业，员工只有用法律武器保护自己的正当权益了。