这家公司提供了社会保障，但这些费用都是从我们自己的薪水中扣除的，这是否合法？

补缴社会保险不属于劳动仲裁的受理范围，而是属于行政管理的范畴。因用人单位欠缴、拒缴社会保险费或者因缴费年限、缴费基数等发生的争议，应由社保管理部门解决处理。　　《调解仲裁法》确定了社会保险争议属于劳动争议，用人单位、劳动者和社保机构就欠费等发生争议，是征收与缴纳之间的纠纷，属于行政管理的范畴，带有社会管理的性质，不是单一的劳动者与用人单位之间的社保争议。
因此，对于那些已经由用人单位办理了社保手续，但因用人单位欠缴、拒缴社会保险费或者因缴费年限、缴费基数等发生的争议，应由社保管理部门解决处理。对于因用人单位没有为劳动者办理社会保险手续，且社会保险经办机构不能补办导致劳动者不能享受社会保险待遇，要求用人单位赔偿损失的，则属于典型的社保争议纠纷，人民法院应依法受理。

拖欠工资，不发工资、克扣工资劳动者可以打12333电话投诉，该电话是人力资源和社会保障局的电话。也可以到劳动局监察大队投诉。
由于公司未能按时发放劳动报酬，劳动者可以提出辞职，并要求经济补偿。
劳动者可以向当地劳动监察行政部门进行举报，由劳动监察大队责令用人单位支付工资，劳动监察大队协调不成的，劳动者可以申请劳动仲裁。对劳动仲裁裁决拒不执行的，可以申请法院强制执行。

员工辞职单位扣工资违法

《劳动法》第50条规定：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

《劳动合同法》第37条规定：劳动者提前30日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。

有下列情形之一的，可以随时解除劳动合同：

1、在试用期内应提前三日通知单位;

2、用人单位以暴力、威胁或者限制人身自由的手段强迫劳动的;

3、未按劳动合同约定支付劳动报酬或保障劳动条件的;

4、用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的。