因为我们夫妻感情破裂，我要离婚，但是她不同意，我分居三个月了，我要离婚起诉，但是结婚证在她手上？怎么办

依据《婚姻法》规定如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
(一)、重婚或有配偶者与他人同居的。所谓"有配偶者与他人同居"是指有配偶者与婚外异性，不以夫妻名义，持续、稳定地共同居住。
如果以夫妻名义了，则构成重婚。 　　
(二)、实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的。所谓"家庭暴力"，是指行为人以殴打、捆绑、残害、强行限制人身自由或者其他手段，给其家庭成员的身体、精神等方面造成一定伤害后果的行为。
持续性、经常性的家庭暴力，构成虐待。 　　
(三)、有赌博、吸毒等恶习屡教不改的。 　　
(四)、因感情不合分居满两年的。 　　
其他导致夫妻感情破裂的情形应包括最高人民法院《关于人民法院审理离婚案件如何认定夫妻感情确已破裂的若干具体意见》规定的14项内容中与现行《婚姻法》不冲突的情形，具体包括
1．一方患有法定禁止结婚的疾病，或一方有生理缺陷及其他原因不能发生性行为，且难以治愈的。
　　
2．婚前缺乏了解，草率结婚，婚后未建立起夫妻感情，难以共同生活的。 　　
3．婚前隐瞒了精神病，婚后经治不愈，或者婚前知道对方患有精神病而与其结婚，或一方在夫妻共同生活期间患精神病，久治不愈的。
　　
4．一方欺骗对方，或者在结婚登记时弄虚作假，骗取《结婚证》的。 　　
5．双方办理结婚登记后，未同居生活，无和好可能的。 　　
6．包办、买卖婚姻，婚后一方随即提出离婚，或者虽共同生活多年，但确未建立起夫妻感情的。
　　
7．因感情不和分居已满两年（原《意见》规定为三年，与现行婚姻法冲突），确无和好可能的，或者经人民法院判决不准离婚后又分居满一年，互不履行夫妻义务的。 　　
8．一方与他人通奸、非法同居，经教育仍无悔改表现，无过错一方起诉离婚，或者过错方起诉离婚，对方不同意离婚，经批评教育、处分，或在人民法院判决不准离婚后，过错方又起诉离婚，确无和好可能的。
（最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释＜一＞第22条规定人民法院审理离婚案件，符合婚姻法第32条第2款规定“应准予离婚”情形的，不应当因当事人有过错而判决不准离婚。
　　
9．一方重婚，对方提出离婚的。 　　
10．一方好逸恶劳、有赌博等恶习，不履行家庭义务，屡教不改，夫妻难以共同生活的。 　　11．一方被依法判处长期徒刑，或其违法，犯罪行为严重伤害夫妻感情的。
　　
12．一方下落不明满二年，对方起诉离婚，经公告查找确无下落的。 　　
13．受对方的虐待、遗弃，或者受对方亲属虐待，或虐待对方亲属，经教育不改，另一方不谅解的。
　　
14．因其他原因导致夫妻感情确已破裂的。 　　另外一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。

通常情况下法院判处夫妻双方离婚的标准是以夫妻感情破裂为基本原则的，如果夫妻双方存在感情破裂的事实，则一般情况下法院会判处夫妻双方离婚，但是如果只有一方起诉离婚而另一方不同意的，则法院通常情况下不会判处离婚，这种情况下，如果夫妻双方在六个月内不起诉，同时在法律规定的时间内没有和好的的，则法院再次受理案件时一般户判处双方。进行离婚

一方不同意离婚可以先分居，通常是夫妻分居两年，但并不仅此一个条件。只要是夫妻感情确已破裂，就应判决离婚。
　　婚姻法规定，如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚的情形为：
　　
（一）重婚或有配偶者与他人同居的；
　　
（二）实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；
　　
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；
　　
（四）因感情不和分居满二年的；
　　
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。