协议离婚后，房产归女方，女方补偿男方50万元。补偿款截止日期后女方以补偿不合理为由拒付补偿款，男方怎么办？！

夫妻双方协议离婚，并且就房产的归属，在离婚协议书中明确的予以约定，通常情况下依据该离婚协议书办理离婚手续后，该离婚协议书就发生法律效力，双方的约定生效。
因为没有办理房屋过户手续，所以女方享有的属于债权，并非物权，不动产所有权的变更以房产登记为准。
建议双方办理房屋过户手续，这样就不会再有任何的纠纷。

新《婚姻登记管理条例》第十条规定内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻记机关办理离婚登记。
离婚登记按地域管辖原则进行管辖。
《婚姻登记工作暂行规范》第五条 婚姻登记管辖按照行政区域划分。
（一）县、不设区的市、市辖区人民政府民政部门办理双方或者一方常住户口在本行政区域内的内地居民之间的婚姻登记。
（二）省级人民政府可以根据实际情况，规定乡(镇)人民政府办理双方或者一方常住户口在本乡(镇)的内地居民之间的婚姻登记。
（三）省级人民政府民政部门或者其确定的民政部门，办理一方常住户口在辖区内的涉外和涉香港、澳门、台湾居民以及华侨、出国人员的婚姻登记。
办理经济技术开发区、高新技术开发区等特别区域内居民婚姻登记的机关由省级人民政府民政部门提出意见报同级人民政府确定。
婚姻登记机关不得违反上述规定办理婚姻登记。
第六条 具有办理婚姻登记职能的县级以上人民政府民政部门和乡(镇)人民政府应当设置婚姻登记处。
省、市、县（市、区）人民政府民政部门、乡（镇）人民政府设置婚姻登记处，应当形成文件，对外公布并报上级民政部门备案。
第七条 省、市、县（市、区）人民政府民政部门和乡镇人民政府设置的婚姻登记处分别称为：××省（自治区、直辖市）民政厅（）婚姻登记处，××市民政局婚姻登记处，××县（市、区）民政局婚姻登记处，××县（市、区）××乡（镇）人民政府婚姻登记处。
县、不设区的市、市辖区人民政府民政部门设置多个婚姻登记处的，应当在婚姻登记处前冠其所在地的地名。

《婚姻法解释二》规定：
第二十条　双方对夫妻共同财产中的房屋价值及归属无法达成协议时，人民法院按以下情形分别处理：

（一）双方均主张房屋所有权并且同意竞价取得的，应当准许；

（二）一方主张房屋所有权的，由评估机构按市场价格对房屋作出评估，取得房屋所有权的一方应当给予另一方相应的补偿；

（三）双方均不主张房屋所有权的，根据当事人的申请拍卖房屋，就所得价款进行分割。
《婚姻法解释三》规定：
第十条 夫妻一方婚前签订不动产买卖合同，以个人财产支付首付款并在银行贷款，婚后用夫妻共同财产还贷，不动产登记于首付款支付方名下的，离婚时该不动产由双方协议处理。
依前款规定不能达成协议的，人民法院可以判决该不动产归产权登记一方，尚未归还的贷款为产权登记一方的个人债务。双方婚后共同还贷支付的款项及其相对应财产增值部分，离婚时应根据婚姻法第三十九条第一款规定的原则，由产权登记一方对另一方进行补偿。