亲戚以前经营一个煤矿，2008年将煤矿的百分之六十股份以480万元卖给了另一个公司，并且由该公司负责经营。期间合同未经公证，也未到工商部门登记过。请问：该协议有效与否。另现工商部门查煤矿是否有股权和经营权转让的问题，这个有什么关系呢？是需要交税？怎么交？能不能对该事进行处罚？处罚多少钱？现在合理合法的最好处理办法怎么办？请帮忙解答下，万分感谢！

一是在登记公司注册资本方面，明确有限公司设立登记时，实缴资本为“零”的，营业执照登记实收资本一栏载明为“零”，公司章程中应载明分期出资的数额、出资期限，申请人应承诺按《公司法》规定于公司成立之日起两年内缴足注册资本(投资公司成立5年内缴足)，实收资本到位之前不得再以零认缴增加注册资本。工商登记时应提示申请人认缴出资的法律风险。
　　二是在登记经营范围方面，将暂停和调整审批事项管理方式项目记载于一般经营范围，经营范围后加注“该项目需报相关监管部门备案”。已登记的暂停和调整行政审批事项项目到期变更登记时，应将该项目从许可经营范围中调整至一般经营范围内。
前置审批项目改后置审批经营项目登记时许可项目后加“待取得相应许可后方可经营”或“凭相应许可证方可经营”。　　三是在企业名称使用方面，取消冠宿迁市行政区划企业名称有注册资本限制的准入条件、取消企业名称中行政区划位置的限制。
　　四是在企业、个体工商户住所(经营场所)方面，住所(经营场所)无产权证的，提交乡镇政府、街道办事处出具的房屋权属证明文件或申请人对房屋物权归属的承诺书；租赁用房的，提交对住所或经营场所享有使用权的租赁协议和房产证明文件。
从事计算机系统服务等无污染、不扰民、无安全隐患项目经营的，经相邻权业主同意，或小区业主委员会书面同意，或申请人承诺的住宅作为住所(经营场所)登记。征收范围内房屋登记的，营业执照上加注“不作为征收补偿依据”。
　　五是在登记提示抄告方面，经营项目列入市级暂停行使和调整管理方式等事项的，工商部门在核准登记时当场向申请人送达《行政审批事项告知书》或《行政监管事项告知书》，提示申请人应办理的审批监管事项、承办部门及其联系方式，核准登记之日起次日将登记信息抄告相关部门。

要解决个人股权转让如何交税，根据《国家税务总局关于发布amp;lt;股权转让所得个人所得税管理办法（试行）amp;的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第二十条规定：“具有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：　　
(一)受让方已支付或部分支付股权转让价款的;　　
(二)股权转让协议已签订生效的;　　
(三)受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的;　　
(四)国家有关部门判决、登记或公告生效的;　　
(五)本办法第三条第四至第七项行为已完成的;　　
(六)税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。”

股权转让过程中，转让方需要交纳各种税费。
一、当转让方是个人：要交纳个人所得税，按照20%缴纳。
二、当转让方是公司：则需要缴纳的税费依照《公司股权转让的税费处理》规定。根据《企业所得税暂行条例》第五条规定，纳税人的收入总额包括：生产经营收入、财产转让收入、利息收入、租赁收入、特许权使用费收入等；该条例实施细则第七条第五款规定，特许权使用费收入是指纳税人提供或者转让专利权、非专利技术、商标权、著作权以及其他特权的使用权而取得的收入。因此，企业转让商标取得的收入应按规定缴纳企业所得税。