只跟公司签了三方协议，没有签订劳动合同，三方协议上公司私自添加了违约需赔偿3000元的条款，现在公司要我赔偿违约金3000，培训费3000，加上其他办证的费用共六千多，它们这么做合法吗？

你好，公司可以在劳动合同中明确约定培训期，如果未按照合同约定履行，需要承担培训费的全部或者部分。就你所言，如果公司没有跟你签署劳动合同，单纯约定了培训费用，个人认为该协议难以得到法律支持。
另外约定的培训费用应当按照期限主张，比如培训期两年，你工作一年之后离职，单位至多主张50%。

《合同法》第114条第2款规定：约定的违约金低于造成的损失，当事人可以请求法院予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求法院适当减 少。但是违约金是当事人双方在订约时对一方违约后可能造成的损失的一种预先估算，与违约后守约方的实际损失不可能完全相符；故此可交由法官自由裁量。
法律规定预定违约金，除了给当事人施加心理压力外，也避免了违约后损失计算的麻烦和当事人证明损失大小的麻烦，使当事人能迅速确定自己应当承担的具体责任。因此，当事人如需要法院增加违约金额、或者当违约金过分高于损失时，则需承担证明损失大小的责任。

《劳动法》
3.乙方解除本合同，应当提前三十日以书面形式通知甲方；在试用期内的，应当提前三日通知甲方。但有下列情形之一的，乙方可以解除本合同，甲方应按规定支付经济补偿：⑴甲方未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；⑵甲方未及时足额支付劳动报酬的；⑶甲方未依法为乙方缴纳社会保险费的；⑷甲方的规章制度违反法律、法规的规定，损害乙方权益的；⑸甲方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使乙方在违背真实意思的情况下订立或者变更本合同，致使本合同或者变更协议无效的；⑹甲方免除自己的法定责任、排除乙方权利，致使本合同无效的；⑺甲方违反法律、行政法规强制性规定，致使本合同、合同附件或补充协议等与合同具有同等效力的文件无效的；⑻甲方以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫乙方劳动，或者违章指挥、强令冒险作业危及乙方人身安全的；⑼法律、行政法规规定乙方可以解除劳动合同的其他情形。甲方有上述第⑻项情形的，乙方可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。