单位单休，讨要加班工资，公司说实行不计时工作制，不用发加班，而且劳动局备案过，但劳动合同并没有明确约定实行不计时工作制，平时上班也是打卡计时的，迟到什么的也要扣钱，请问这种情况可以通过劳动仲裁主张补发加班工资吗

第四十六条规定，劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。第八十五条规定，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的

关于劳动合同相关规定
（一）、规章制度必须合法所谓合法，包括内容合法和程序合法。根据《中华人民共和国劳动法》第八十九条的规定：用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门给予警告，责令改正；对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。这就体现了规章制度必须内容合法。程序合法指规章制度的制订必须符合法律规定的程序。《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第十九条规定：“用人单位根据《劳动法》第四条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。”这就决定了对于法律规定必须经过职代会或职工大会及法律规定的其他民主形式通过的规章制度还必须按法定的民主程序制定。
（二）、规章制度不得违反劳动合同和集体合同的约定劳动合同是劳动者与用人单位就劳动权利义务达成的协议，如果不违反法律、法规，已成立就具有法律约束力。规章制度是用人单方单方面制定的，单位不能通过规章制度单方面变更劳动合同的设定，即使规章制度由职代会通过，如果与劳动合同冲突不一致，或增加劳动者的义务，除非劳动者认可，否则无效。另外企业规章制度不得违反集体合同的约定，不能通过规章制度违反集体合同的约定。
（三）、规章制度不得违反公序良俗公序良俗是指公共秩序和善良风俗。用人单位规章制度不得违反公序良俗，否则职工可向劳动行政部门主张该规章制度无效，造成侵权的，可提起诉讼。
（四）、向劳动者公示公示原则是现代法律法规生效的一个要件，作为企业内部的规章制度更应对其适用的人必须公示，未经公示的企业内部规章制度，职工无所适从，对职工不具有约束力。

建议按流程先申请工伤认定，赔偿金额只有等鉴定等级后才能最终确定。

1、向人力资源和社会保障局（原劳动局）申请工伤认定，公司需要在事故发生的一个月内申报，如果公司不申请，则工伤职工或者其近亲属在一年内提出认定申请。
需提交材料：工伤认定申请表（人社局的网站一般有下载）、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明等；

2、如果经过治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，应当申请劳动能力鉴定，向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请（一般设立在同级人力资源和社会保障局）；

3、根据不同的伤残等级，获得的补偿是不一样的。
主要的补偿是：医疗费、一次性伤残补助金、一次性就业补助金、一次性医疗补助金、停工留薪期工资、伙食补助费、护理费等；

4、如果你没有劳动合同及其他证明存在劳动关系的证据，无法申请工伤认定，可以先申请劳动仲裁确认你与用人单位之间存在劳动关系。
经过劳动仲裁确认存在劳动关系后，再申请工伤认定。