员工在职期间怀孕辞职还有扣工资吗

员工辞职是无经济补偿的，如果员工续签了劳动合同，在签订劳动合同时就应该约定工资，而且工资不得低于之前的劳动合同，否则员工可以拒绝签订的。但是目前已经签订了。所以没有办法了。
《劳动合同法》
第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

根据《工资支付暂行规定》用人单位不得克扣劳动者工资，除了个人所得税、社会福利、代扣的抚养费及赡养费等，除此之外还有：
“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
也就是说，除了正常扣除的费用，只有劳动者给用人单位带来损失的时候，用人单位才能扣除，且扣除量上也有限制。
很多单位为了制约这种不负责的员工，在公司规章制度里会注明“员工未提前一个月通知解除合同，需要扣一个月的工资”。然而，劳动法并不允许单位和劳动者在法律之外设置违法责任，劳动法规定劳动者可以承担的违约金情形只有2种情况：劳动者违反竞业限制约定、劳动者违反培训服务期约定。
也就是说企业规章制度中“扣一个月的工资”的约定是无效的。

怀孕后提前告知单位即可离职，单位扣押金和工资违法。拖欠工资，不发工资、克扣工资劳动者可以打12334电话投诉，该电话是人力资源和社会保障局的电话。也可以到劳动局监察大队投诉。
由于公司未能按时发放劳动报酬，劳动者可以申请解除劳动合同和劳动关系，并要求经济补偿。劳动者可以向当地劳动监察行政部门进行举报，由劳动监察大队责令用人单位支付工资，劳动监察大队协调不成的，劳动者可以申请劳动仲裁。
对劳动仲裁结论拒不执行的，可以申请法院强制执行。