我妹妹非法同居生了两个孩子。 现在矛盾的是要分手。 我去司法所调解了。 你能觉得不合理而保护自己的权利吗？

你好，孩子的抚养权归属孩子的父母，即你或者女方。根据《中华人民共和国婚姻法》第二十五条“非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或生母，应当负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。
”的规定， 非法同居所生的孩子既可以由父亲抚养，也可以由母亲抚养。不直接抚养非婚生子女的生父或生母，应当负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。此外，从人民法院审理婚姻案件的角度来看，人民法院审理离婚案件，对子女抚养问题，从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。
即小孩的抚养权关键是看小孩由谁抚养对小孩的成长生活更为有利。孩子尚在哺乳期，以随哺乳的母亲抚养为原则，男方支付孩子的抚养费。孩子满两周岁未满十周岁的，一般由对其成长有利的一方抚养，另一方支付抚养费。
孩子满十周岁的，归谁抚养还要征求孩子的意见。

对非法同居行为应作出如下处理：　　
一、离婚后，双方未再婚，在未履行复婚登记手续的情况下，又以夫妻名义共同生活，一方起诉离婚后，一般应解除其非法同居关系。　　
二、未办理结婚登记而以夫妻名义同居生活的男女，一方要求“离婚”或解除同居关系的，经查证确属非法同居的，应一律判决予以解除。　　
三、解除非法同居时，对非婚生子女的抚养、教育和财产分割，应本着照顾妇女、儿童的利益及双方过错程度妥善处理。　　
四、解除非法同居，对在哺乳期内的子女，原则上由母方抚养，如父方有条件的，母方同意，也可由父方抚养。子女为限制民事行为能力的，应征求子女本人的意见。一方将未成年子女送他人抚养，须征得另一方同意。　　
五、解除非法同居时，同居生活期间双方所得的收入和购置的财产，按共同财产处理。同居期间一方自愿赠送给对方的财物，可比照赠与关系处理。一方向另一方索要的财物，按最高院《关于贯彻执行民事政策法律若干问题的意见》处理。　　
六、解除非法同居时，同居期间为共同生产、生活而而形成的债权、债务，可按共同债权、债务处理。　　
七、解除非法同居时，一方在共同生活期间患有严重疾病未治愈的，分割财产时，应适当予以照顾，或者由另一方给予一次性经济帮助。　　
八、同居生活期间一方死亡，另一方要求继承财产的，可按《继承法》第十四条规定，根据相互扶助的具体情况处理。　　
九、对于违法情节严重的，应按照《婚姻法》、《民法通则》等和其他法律、法规的有关规定，给予适当的民事制裁。

您好，非法同居关系的解除分为两种情况：
（一）无配偶者与他人同居的对于这种情况同居关系可以自行解除，可以就子女抚养和财产分割自行达成合法协议。此种情况如果仅向法院起诉要求解除同居关系的，人民法院一般不予受理。同时根据《婚姻法解释
(二)》第一条第二款的规定：“当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。”所以如果无配偶者与他人同居的向法院起诉，有财产分割或者子女抚养的请求的，人民法院应当受理并作出处理。
（二）有配偶者与他人同居的而对于有配偶者与无配偶者、有配偶者要求解除非法同居关系的，人民法院应予受理并依法予以解除。同样此时，如果当事人对于同居关系存续期间的财产和子女抚养有要求的，人民法院应当受理并一并予以处理。