平均工作时间是每天12小时，但付加班费是否合法？

国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度（1995年国务院将每周不超过44小时修改为每周不超过40小时）。”注意，这里的“每日”和“每周”是任何一日和任何一周都必须达到的，不能这周少于40小时，意味着下周可以超40小时。
因此公司安排员工加班时应当遵循上述标准进行安排。

加班时间：
劳动者正常工作时间以外被延长的工作时间，是加班费的计算基础。中华人民共和国劳动法和劳动合同法及其他相关法律法规均对加班时间的有明确的规定。加班时间是用人单位由于生产经营需要或其他需要，经与工会和劳动者协商后，安排劳动者在法定的工作时间以外的被延长的工作时间。
劳部发〔1997〕134号《劳动部关于推动企业全面实施新工时制度的通知》：对极个别确实困难，1997年5月1日还不能实施新工时制度的企业，应按每周工作40小时的标准支付职工工资及加班加点报酬，同时要制定实旆计划和方案，积极创造条件，尽快实施新工时制度。
加班费=正常工作日加班费+休息日加班费+法定休息日加班费=月工资基数/
21.75*150%*正常工作日的加班时间+月工资基数/
21.75*200%*休息日的加班时间+月工资基数/
21.75*300%*法定休息日的加班时间

公司加班但是不给加班费，是违法的，劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付其加班费。

拓展材料：
《劳动法》第四十四条　有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

申请劳动仲裁的方法：

1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（北京地区不需要提供登记信息）。

2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院。

3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。申请劳动仲裁可以追讨两年前的加班工资，但是需要劳动者承担全部举证责任。《劳动法》第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;

(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的;

(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；