我们是房地产开发公司，前几天做了住宅区的标记。 3天的公示期限和3天需要500万元的保证金，到了第二天，代理机关对招标文件的补充内容有异议，等待投标文件的修改后再延期，告知了是否违反了招标法。 我们该怎么办呢？

投标保证金的递交时间，应开标前以有效形式递交保证金，开标前的时间很充裕，从知晓采购信息开始，一般到采购截止日都会有一段时间，招标采购为20天以后，竞争性谈判、询价采购、单一来源几种采购方式，从采购公告发布之日到采购当天也会有一个时间段。
所以对投标保证金交纳的时间要求只能是截止到开标时间截止前的时点

招标代理机构的选择：按照《中华人民共和国招标投标法》第12条规定， 招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。任何单位和个人不得以任何方式为招标人指定招标代理机构。
　　招标人具有编制招标文件和组织评标能力的，可以自行办理招标事宜。任何单位和个人不得强制其委托招标代理机构办理招标事宜。
　　依法必须进行招标的项目，招标人自行办理招标事宜的，应当向有关行政监督部门备案。

根据《招标投标法》第28条规定，投标文件递交截止时间之前，不足三家投标人递交投标文件，应停止开标，重新招标。
(一)投标保证金的金额在合同估算价的百分之一到百分之二内确定；
(二)投标保证金最高不得超过八十万元人民币；
(三)投标保证金应在合同签订后五个工作日内退还给所有投标人。相关法律知识：《中华人民共和国招投标法》中有关内容的规定第二十六条规定投标人应当具备承担招标项目的能力；国家有关规定对投标人资格条件或者招标文件对投标人资格条件有规定的，投标人应当具备规定的资格条件。第二十七条：投标人应当按照招标文件的要求编制投标文件。投标文件应当对招标文件提出的实质性要求和条件作出响应。招标项目属于建设施工的，投标文件的内容应当包括拟派出的项目负责人与主要技术人员的简历、业绩和拟用于完成招标项目的机械设备等等。第二十八条：投标人应当在招标文件要求提交投标文件的截止时间前，将投标文件送达投标地点。招标人收到投标文件后，应当签收保存，不得开启。投标人少于三个的，招标人应当依照本法重新招标。在招标文件要求提交投标文件的截止时间后送达的投标件，招标人应当拒收。