员工离职后企业一次性付清三年的加班工资，将付清的加班工资合拼当月薪一齐申请个人所得税，那样作法恰当吗？假如企业多扣了个人所得税能够问企业要回吗？

我国《工资支付暂行规定》第十九条规定，劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
用人单位在节假日安排劳动者加班的，应按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资；休息日用人单位安排劳动者加班的，可以给劳动者安排补休而不支付加班工资，如果不给补休，应当按照不低于劳动者本人日或小时工资的200%支付加班工资。

根据《工资支付暂行规定》用人单位不得克扣劳动者工资，除了个人所得税、社会福利、代扣的抚养费及赡养费等，除此之外还有：
“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
也就是说，除了正常扣除的费用，只有劳动者给用人单位带来损失的时候，用人单位才能扣除，且扣除量上也有限制。
很多单位为了制约这种不负责的员工，在公司规章制度里会注明“员工未提前一个月通知解除合同，需要扣一个月的工资”。然而，劳动法并不允许单位和劳动者在法律之外设置违法责任，劳动法规定劳动者可以承担的违约金情形只有2种情况：劳动者违反竞业限制约定、劳动者违反培训服务期约定。
也就是说企业规章制度中“扣一个月的工资”的约定是无效的。

劳动法明确规定“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”但是，用人单位在特定的情况下也可以扣除劳动者工资。

1、用人单位不得克扣劳动者工资。
有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;

(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;

(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;

(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

2、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。