孕期请病假公司要求我根据员工手册出具病例，发票，化验单，诊断证明等，我只提交了病假条，公司说是无效的，按旷工处理，这是否合法？

工资是劳动者的合法收入，无论什么原因，用人单位无权扣除或者扣押劳动者的工资。
用人单位开除员工，须将劳动者的工资结清。除了给正常的出勤工资，每工作满一年需要给一个月的基本工资，不足一年、满半年的按半个月计算。
法律依据：《工资支付暂行规定》第16条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，如果用人单位和劳动者在劳动合同中约定了劳动者的赔偿责任，用人单位可以依约定要求劳动者赔偿。
如果用人单位和劳动者在劳动合同中没有约定劳动者的赔偿责任，劳动者给用人单位造成了经济损失，用人单位能否要求其赔偿，法律法规没有明确规定。在这种情形下，用人单位不能要求劳动者赔偿。
理由是：①劳动者和用人单位之间是劳动关系，不是民事权利义务关系，不适用民法的归责原则；②除了《劳动合同法》规定的二种情形外，用人单位是否享有向劳动者索赔的权利取决于双方的约定，如果没有约定，应当视为用人单位对该项权利的放弃；③在我国，立法者的本意是限制用人单位向劳动者索赔的权利。

关于病假时间和工资，劳动法规有明确规定的。
1、《关于贯彻执行《中华人民共和国劳动法》若干问题的意见》（劳部发[1995]309号）
59、职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%.
2、《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》　　第三条企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：　　
（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。　　
（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。　　第四条医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月内累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病休时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。

病假，是指劳动者本人因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，企业应该根据劳动者本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗假期。劳动者请病假，应当由职工本人到用人单位指定的医疗机构，经执业医师检查后，需要停工治疗休养的，由执业医师出具病假条，职工持病假条按用人单位规定程序办理请假手续。但急诊的，可以就近入院，口头请假，事后即使补办手续。门诊病历不是病假条，不能作为有效病假证明。《执业医师法》第二十三条医师实施医疗、预防、保健措施，签署有关医学证明文件，必须亲自诊查、调查，并按照规定及时填写医学文书，不得隐匿、伪造或者销毁医学文书及有关资料。劳动部、国务院经济贸易办公室、卫生部、国家工商行政管理局、中华全国总工会《关于加强企业伤病长休职工管理工作的通知》劳险字〔1992〕14号
二、要坚持和完善企业伤病职工的休假和复工制度。职工因伤病需要休假的，应凭企业医疗机构或指定医院开具的疾病诊断证明，并由企业审核批准。伤病职工需要转入长休的，根据企业医疗机构或指定医院开具的疾病诊断证明，由企业劳动鉴定委员会（小组）作出鉴定，经企业行政批准。