您好:我于2011年3月1日进汕头市紫光古汉氨基酸有限公司工作，并签订了为期3年的劳动合同。后公司新建办公楼扩大厂房，更换了公司名称，于2012年12月1日要求以新公司名称重新签订劳动合同，当时只说更换了名字，要以新公司名称签订，老板还是原来的老板，公司人员都没有变动。所以当时我就签了到2015年11月30日的三年合同，厂里其他人也都是这样。今年10月底公司告知我到11月30日合同到期后终止合同，不再续签，但是只补偿新公司3年合同期的3个月平均工资。我提出质疑，因为我已经在这里工作了4年9个月。由于去年底公司一些人事变动，总经理和人事部门经理都已经更换，原来剩下的副总经理说这现在的公司是收购原来的公司，以前的公司已经不在，只认新公司三年合同。我听说后来给我交社保医保的企业号码与原来老的公司企业号码不一样，但是可以肯定的是:新老公司老板是同一个人，法人代表是同一个名字，当时改签合同没有告知，每月领取的工资里有一项每年20元的工龄奖金也是按照我入厂时间算起，最后已领满4年的80元。请问我在公司只同意支付3个月平均工资补偿的情况下可以申请劳动仲裁要求补偿5个月的平均工资补偿吗？

劳动仲裁是维权方式，是否可以拿到工资，要看是不是应当给工资、证据情况、用人单位是否有支付能力等等属于事实判断问题，无法做出准确答复。
要想拿回劳动者自己的工资，协商最快，协商以后马上可以履行， 如果仲裁，时间在6个月到14个月不等，劳动者向仲裁委员会提起仲裁，那么裁决书下达之日起，公司必须支付工资。
不然，劳动者在裁决书下达15天内，上诉法院处理。

如果辞职属于以下情形，就可以申请相应的经济补偿，但必须要有充分的证据。
《中华人民共和国劳动合同法》
第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：

（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；

（二）未及时足额支付劳动报酬的；

（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；

（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；

（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
第四十六条　有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
第四十七条　经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
第四十八条　用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。

根据《劳动法》第44条、劳动部《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外加班加点的，事后应尽量给予同等时间的补休。确实不能补休的，应按以下标准支付加班加点工资：　　
(1)依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间(加点)的，按照劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资。　　
(2)依法安排劳动者在休息日工作的，按照劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付工资。　　
(3)依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。　　实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。　　经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。　　实行提成工资、包干工资等工资形式的劳动者，由用人单位安排延长工作时间的，均按照实行计件工资制的劳动者加班加点工资的支付办法和标准支付。