我在企业工作两年公司合同要求每月标准工时为200个小时，现在公司快倒闭了但没有发出通知和我们签解除劳动合同协议，赔偿一个月工资，其中因为店铺盘点香烟损失4000元需要我赔偿2000元，协议中写到没有加班工资和假期需要结算，也写到我方不能申请劳动仲裁，请问我签了这份协议合法么？工时不对超过的加班工资是不是不能申请劳动仲裁了？

如何确定加班费的计算基数?
1、如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》 中规定“工资总额”的几个组成部分。
但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。
3、在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应当按照劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》规定 ，进行折算。
4、实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。
5、加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。

工伤停工留薪期期间，由用人单位按月按原工资待遇支付工资。原工资是指受伤前12个月的平均工资。计算时包含加班费用。因此可以看出，因为发生工伤而依法进行工伤索赔的，加班工资也应当被算在其中。

公司没有交社会保险，不可以申请劳动仲裁。
用人单位未给劳动者缴纳社会保险，的确属于劳动争议。按照法律的相关规定，劳动争议的案件是“仲裁前置”这是没有问题的。
《高级人民法院、劳动争议仲裁委员会研讨会会议纪要》则规定，用人单位未为劳动者建立社会保险关系、欠缴社会保险费或未按规定的工资基数足额缴纳社会保险费的，劳动者主张予以补缴的，一般不予受理，告知劳动者通过劳动行政部门解决。