我是今年毕业的学生，在扬子江实习，签订了三方协议，她们私自在上面写了违约金2000元这项，现在我要辞职，完全按照正式员工的辞职程序辞职，可现在她们要扣我2000元，是否合法

劳动者可以保留好相关的证据申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资以及未足额发放的加班费。　　如何申请劳动仲裁：　　
1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（地区不需要提供登记信息）。　　
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；　　
3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。　　《工资支付暂行条例》　　第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；　　
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；　　
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；　　
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　《劳动法》第四十四条　有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：　　
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；　　
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬　　
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。