我想咨询下，我公司工程设计人员薪酬结构无基本工资，每月发放为预支工资（年底全部扣除)，按产值结算，半年结算一次。

《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）第34条，企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。
根据以上条例规定，企业发生的合理的工资薪金支出准予扣除，那么不合理的工资薪金支出即不可以扣除。

公司克扣工资，劳动者可以选择通过提起劳动仲裁维权。
《劳动合同法》第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

离职时工资、押金和经济补偿是必须一次性结清的。用人单位不得随意扣减。否则当事人可以去劳动局举报。　　劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。　　根据《工资支付暂行规定》　　第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。　　根据《中华人民共和国劳动合同法》规定　　第五十条　用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。　　劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。　　用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。　　第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：　　
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；　　
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；　　
(三)安排加班不支付加班费的；　　
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。