开始3人签署了合作协议，股份分为3分，后来在申请营业执照的时候，由于第3人没有来现场，营业执照上只写了2个人的名字。

先到工商局窗口申请营业执照，后至税务局窗口审请税务登记。具体流程及提交材料如下。　　有限责任公司(分公司)设立　　设立依据：《中华人民共和国公司法》、《公司登记管理条例》　　办事程序：审查→受理→核准　　
(一)有限责任公司(分公司)设立登记　　申报材料：　　
1、法定代表人签署的《公司设立登记申请书》;　　
2、全体股东指定代表或共同代理人的证明;　　
3、代表或代理人的资格证明;　　
4、公司章程(经全体股东签名、盖章，下同);　　
5、具有法定资格的验资机构的验资报告;　　
6、股东资格证明;　　
7、载明公司董事、监事、经理姓名、住所的文件及有关委派、选举、聘用的证明;　　
8、公司法定代表人任职文件和身份证明;　　
9、公司名称预先核准通知书(全套);　　
10、公司住所证明;　　
11、法律、行政法规规定设立有限责任公司必须报经审批的，还应提交有关的批准文件、证件。　　注：分公司设立需提供以下材料：　　
1、法定代表人签署的《分公司设立登记申请书》;　　
2、法定代表人指定代表或委托代理人的证明;　　
3、代表或代理人的资格证明;　　
4、公司章程复印件;　　
5、加盖公司公章的公司《企业法人营业执照》复印件　　
6、营业场所使用证明;　　
7、分公司负责人的任职文件和身份证明;　　
8、法律行政法规规定必须报经审批的项目，应提交有关的批准文件。　　承诺时限：3个工作日　　收费项目及标准：　　有限责任公司设立登记费：注册资本额在1000万元以下的按注册资本额的
0.8‰收取，超过1000万元的，超过部分按
0.4‰收取，注册资本超过10000万元的，超过部分不再收取;　　营业执照副本工本费：10元/本;　　有限责任公司分公司设立登记费：300元。　　收费依据：国家物价局、财政部
(1992)价费字414号　　内资企业开业税务登记　　设立依据：《中华人民共和国税收征收管理法》、《税务登记管理办法》　　办事程序：统一受理—-统一审核――统一发证　　申报材料：(所有材料用A4纸复印)　　
1、营业执照副本或其他核准执业证件原件及其复印件两份(分支机构还应提供总公司营业执照、总公司国地税税务登记证复印件两份)　　
2、组织机构代码证书副本原件及其复印件两份　　
3、法定代表人(负责人)居民身份证、护照或其他证明身份的合法证件原件及其复印件两份，两份复印件分别粘贴在税务登记表的相应位置上(外籍人士的护照等其他合法身份证明原件可不提供)　　
4、公司提供章程两份，合伙企业提供合伙协议两份(分支机构提供总公司章程复印件两份)　　
5、注册地址及生产、经营地址证明(产权证、租赁协议)原件及其复印件两份;如为自有房产，请提供产权证或买卖契约等合法的产权证明原件及其复印件两份。如为租赁的场所，请提供租赁协议原件及其复印件两份，租赁合同上若无建管所公章的还需提供房东产权证复印件两份;如生产、经营地址与注册地址不一致，请分别提供相应证明　　
6、公司提供验资报告两份(分支机构、个人独资企业、合伙企业可不提供)　　
7、企业公章　　
8、《税务登记表》一式两份(注：税务登记表不得使用复写纸填写)　　承诺时限：1个工作日　　收费标准：20元　　收费依据：国税函[2006]762号文件　　注：此项目地、国税窗口均可受理

中小企业各股东在签订合作协议前，都需注意以下问题：
　　
1、要审查股东资格。由于全体股东要对发起设立公司的行为承担连带责任，所以一定要审查好股东的资格，包括股东的人品、能力、家庭情况、资产情况、有无对外大额债务等。
　　
2、要明确出资额及出资方式。只要不违反法律规定，股东可以选择现金出资，也可以选择土地、房产、知识产权等折价出资。
　　
3、要明确约定出资的时间及财产权的转移手续等问题。
　　
4、明确股东的出资责任。如股东没有充实出资的责任。
　　
5、公司未能设立的责任的约定。现实生活中，设立公司的情况复杂，并不是最后都必定能设立成功，所有事先约定公司设立失败的责任，以防万一，避免可能出现的纠纷。

根据我国企业名称登记管理规定，关于企业名称有几条原则性的规定，其中包括，企业的名称应由冠以企业所在地省(含自治区和直辖市)或市(包括州)或者县(包括市辖区)行政区划名称。企业的名称还应该要反映出公司的经营的行业特点，不能有暗示超越经营范围的业务。
一、企业名称不得含有下列内容和文字：
1、对国家和社会公共利益有损的
2、容易引起误解或可能对公众造成欺骗的
3、外国国家(地区)和国际组织的名称
4、政党、党政军机关、群众组织、社会团体的名称以及部队番号
5、汉语拼音字母(外文名称使用除外)、数字
6、其他法和行政法规规定禁止的