如果查出员工患有职业病，同时他有严重的违纪行为，公司能否解除劳动合同

基于以上情况，其一，你方可以申请进行工伤认定，要求工伤赔偿，（职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
）其二，工伤赔偿的数额根据伤残等级进行确定，因而你方在伤情稳定后可以进行伤残鉴定，伤残等级最终以鉴定结果为准，工伤赔偿的项目有医疗费，护理费，交通费，一次性伤残就业补助金等，其三，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。
工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。其四，如果用人单位与你方解除劳动合同，那么你方可以向用人单位主张经济补偿金。（经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
）以上问题如果双方协商不能处理，那么你方可以申请劳动仲裁。

违纪被解除劳动合同属于用人单位按照《劳动合同法》第39条规定解除劳动合同，用人单位不需要向劳动者支付经济补偿，劳动者因此向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁时，由用人单位举证证明。
　　《劳动合同法》
　　第三十九条　劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
　　
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
　　
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
　　
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
　　
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
　　
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
　　
（六）被依法追究刑事责任的。
　　第七十七条　劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。

通常情况下，劳动者可以依照法律规定，在试用期内提前三天解除劳动合同，在正式期内提前一个月解除劳动合同。如果用人单位违反法律规定，解除劳动合同的情况下，劳动者有权向用人单位依法主张相应的经济赔偿。
用人单位拒不支付赔偿的劳动者可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，对于不履行仲裁结果的情况下，可以到法院申请诉讼。