农民工工伤住院，医生病志是工伤，但住院手续是合作医疗，这个最后打官司会不会影响

具体情况具体分析，例如，劳动者因工伤住院，用人单位不予以赔偿的，劳动者可以申请劳动仲裁。以下是劳动仲裁的程序：
1、争议发生后一年内申请仲裁，递交仲裁申诉书；
2、仲裁委员会收到申诉书之日起五日内作出是否受理的决定；
3、仲裁庭开庭五日前书面通知双方当事人；
4、开庭，明确请求，答辩，调查事实，举证质证，辩论，陈述；
5、调解；
6、调解不成，裁决。

工伤打官司，要先经过劳动保障部门进行审核认定。

工伤认定办法》第八条 劳动保障行政部门受理工伤认定申请后，根据需要可以对提供的证据进行调查核实，有关单位和个人应当予以协助。
用人单位、医疗机构、有关部门及工会组织应当负责安排相关人员配合工作，据实提供情况和证明材料。

第九条劳动保障行政部门在进行工伤认定时，对申请人提供的符合国家有关规定的职业病诊断证明书或者职业病诊断鉴定书，不再进行调查核实。
职业病诊断证明书或者职业病诊断鉴定书不符合国家规定的格式和要求的，劳动保障行政部门可以要求出具证据部门重新提供。

四、劳动和社会保障部门作出工伤认定决定。

工伤认定办法》第十五条劳动保障行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定决定。
认定决定包括工伤或视同工伤的认定决定和不属于工伤或不视同工伤的认定决定。第十六条工伤认定决定应当载明下列事项：

(一)用人单位全称;

(二)职工的姓名、性别、年龄、职业、身份证号码;

(三)受伤部位、事故时间和诊治时问或职业病名称、伤害经过和核实情况、医疗救治的基本情况和诊断结论;

(四)认定为工伤、视同工伤或认定为不属于工伤、不视同工伤的依据;

(五)认定结论;

(六)不服认定决定申请行政复议的部门和期限;

(七)作出认定决定的时间。

农民工工伤该如何理赔，有哪些保险待遇，　　根据国务院1991年第87号令《全民所有制企业招用农民合同制工人的规定》，农民工因工负伤，由企业给予免费医疗。医疗期间，农民工原标准工资照发。医疗终结经医院证明，并经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作的，送回农村妥善安置，由企业按下列办法发给因工致残抚恤费：　　
(1)完全丧失劳动能力的，按照城镇合同制工人的抚恤费标准，按月发给，直至死亡;　　
(2)大部分丧失劳动能力的，按照农民工原标准工资的70%，按月发给，直至死亡;　　
(3)部分丧失劳动能力的，根据其伤残程度一次性发给。具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定。农民工患职业病的，其医疗和生活待遇，与城镇合同制工人相同。　　但是随着我国社会主义市场经济体制的逐步建立，农民大量进入城市从事劳动密集型行业工作，特别是煤矿企业，目前从业人员基本上是农民工。目前，煤矿每年的死亡人数接近6000人，基本上都是农民工。农民工死亡的赔偿标准因各地的经济发展、地方的财政政策和企业的经营状况的不同而有所区别。为规范工伤认定程序，依法进行工伤认定，维护当事人的合法权益。2003年9月18日劳动和社会保障部颁布《工伤认定办法》、《非法用工单位伤亡人员一次性赔偿办法》、《因工死亡职工供养亲属范围规定》，自2004年1月1日起施行。　　相关知识延伸阅读：农民工工伤如何赔偿　　
1、工伤职工到指定医院治疗工伤或职业病所需的挂号费、诊疗费、住院费、医疗费、药费、就医路费全额报销。经批准转外地治疗的，所需交通、食宿费用按照本企业职工因公出差的标准报销。　　
2、工伤职工住院治疗期间，按照本市职工因公出差伙食补助标准的2/3发给住院伙食补助费。　　
3、工伤职工治疗非工伤范围的疾病，其医疗费用按照现行劳保医疗及大病医疗费用社会统筹的有关规定执行。　　
4、职工因工负伤或者患职业病需要停止工作接受治疗的，实行医疗期。工份医疗期的时间由企业指定的治疗医院提出意见，经企业劳动鉴定委员会确认。工伤医疗期的时间按照轻伤和重伤的不同情况确定为1个月至24个月，严重工伤或职业病需要延长医疗期的，最长不超过36个月。工伤医疗期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。　　
5、工伤职工在工伤医疗期内停发工资，改为按月发给工伤津贴。工伤津贴标准相当于工伤职工本人受伤前十二个月内平均月工资收入。