棚户区改造，二层楼，有房产证，没有土地使用证，补差价吗

若土地纠纷是涉及到拆迁的话，因为通常拆迁赔偿是按照房产证的，不是按照土地证的。
房屋拆迁补偿的法律程序如下：
一、拆迁单位向房屋所在地的市、县人民政府房屋拆迁管理部门取得拆迁许可证。
二、房屋拆迁管理部门在发放房屋拆迁许可证的同时，应当将房屋拆迁许可证中载明的拆迁人、拆迁范围、拆迁期限等事项，以房屋拆迁公告的形式予以公布。
三、房屋拆迁管理部门和拆迁人应当及时向被拆迁人做好宣传、解释工作。
四、拆迁人与被拆迁人应当依照法律的相关规定，就补偿方式和补偿金额、安置用房面积和安置地点、搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限等事项，订立拆迁补偿安置协议。拆迁租赁房屋的，拆迁人应当与被拆迁人、房屋承租人订立拆迁补偿安置协议。
五、拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。
裁决应当自收到申请之日起30日内作出。
当事人对裁决不服的，可以自裁决书送达之日起3个月内向人民法院起诉。拆迁人依照本条例规定已对被拆迁人给予货币补偿或者提供拆迁安置用房、周转用房的，诉讼期间不停止拆迁的执行。
六、拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院起诉。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。
七、被拆迁人或者房屋承租人在裁决规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋所在地的市、县人民政府责成有关部门强制拆迁，或者由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。实施强制拆迁前，拆迁人应当就被拆除房屋的有关事项，向公证机关办理证据保全。

土地使用证是非常重要的物权，不按合同办出土地使用证就是开发商违约和对业主“权力”的侵犯。国有土地使用证不仅是住宅不动产的物权的组成部分，而且是更重要的组成部分。
（一）可以有效保护不动产产权的完整性。
缺少《土地使用证》，不动产的“物权”不完整。因为《房地产管理法》第五十九条规定：“国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度”，这说明房地产的“物权”包括房屋所有权和土地使用权两方面。
业主买的房地产包括房屋所有权和土地使用权，而现在开发商只把房屋所有权给了业主，而土地使用权没有交给业主。
（二）可以保证房产转让中涉及的土地使用权的法律效力。
缺少《土地使用证》，房地产的转让中涉及土地使用权的部分不发生法律效力。
《物权法》第九条规定：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力”。没有《国有土地使用证》，业主不拥有法律意义上的“土地使用权”。
（三）可以有效体现房地产的实际价值。
缺少《国有土地使用证》房地产价值严重缩水。按照《物权法》第一百四十九条规定：“住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期”。这一条规定使原本只有70年寿命的住宅，得到“自动”延长。
使“住宅”的传世私有财产性质，以法律的形式确立下来。但是如果买的房子没有《国有土地使用证》，就没有土地使用权，更不能“传世”，这样的房子还有多少价值呢。

棚户区改造的房子一般在五年内无法办理过户手续的，但是这个并不影响双方的正常买卖，只是对于没有办理过户的房屋买卖存在风险。只要有人愿意购买即可，可以约定待办理过户条件成就时协助办理以及承担违约责任即可。