已经签好合同，并且取得商品房，款项也基本付清，但是合同上没有说明违约纠纷处理及保护措施，请问现在该采取什么措施，使自己获得房产证或采取其它措施保护自己的权益。

根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十七条，商品房买卖合同没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法，违约金数额或者损失赔偿额可以参照以下标准确定：
逾期付款的，按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。逾期交付使用房屋的，按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定。

商品房买卖的纠纷有哪些　　
(一)认购定金能否退回　　一些项目在具备销售法定条件前，往往搞认购，让购房者交一定金额的定金。当购房者不能与开发商签订合同或购房者改变主意后，因收取的定金是否应返还就往往争执不下，形成纠纷。对于定金是否应收取﹖收取以后是否能退﹖各方也是各执一词，尚无定论，而且各地法院的判决结果对这一问题也不一致，因此，尚需立法或法律解释予以明确。　　
(二)面积问题总是难以说清　　交房时，业主经常发现面积有问题：一是产权登记的面积与合同约定面积有误差；二是业主自己测算了面积与合同面积有误差。前一种情况，业主依合同的约定及法律规定，即可找到依据与开发商论理或依法解决；后一种情况，则很难解决。一是产权证未办，开发商往往推辞应以产权登记面积为准，待产权证办后再行处理；另一方面，业主也不能拿出权威的测量结果作为依据，据以与开发商理论，因此，使得面积纠纷难以说清也就无从解决。　　
(三)变更设计规划很无奈　　一些小区将原规划的绿地，社区配套设施及公建改建成其它赢利性建筑或办公用房，或者扩建、插建，改变小区容积率及楼间距。规划的改变不仅影响到业主的居住环境和质量，严重的会影响其通风、采光，而对开发商而言，会造成不讲诚信的不良影响。因此，对于规划的变更，开发商更应慎重为之。　　
(四)渗漏裂缝问题堪忧　　房屋质量纠纷仍是各种纠纷中的重点，而且与往年不同的是，由于开发和销售总量的加大以及小区规模的增大，渗漏、裂缝、装修不合约定等纠纷往往在一个小区是普遍性的，因而形成团体纠纷。某小区就因渗漏问题形成数百业主与开发商的纠纷，影响很大。类似这种群体性纠纷在西安为数不少。　　
(五)物业管理缺乏监管　　物业管理纠纷无疑是今年纠纷的一个热点，由于其涉及收费、服务质量、安保、业主委员会的相关权益等方方面面，因而物业管理纠纷复杂而又涉及面广，牵扯人数众多。究其根源，源于缺乏立法的规范和大众法律意识的淡漠，造成物业管混乱。　　
(六)产权证难以到手　　业主入住以后，迟迟拿不到房产证的情况很多，有的往往是一幢楼甚至一个小区的业主均拿不到房产证，因而形成大量纠纷，影响面很大，解决也相当困难。究其原因，往往是前几年房地产市场不规范，开发商手续不全或欠缴有关税费所致。随着市场整顿力度加大，开发商自律加强，这种纠纷势必会大量减少。

商品房预售合同，是预售人将未竣工但已经确定施工进度和竣工交付日期的商品房的房屋产权转移给预购人所有，而预购人按合同约定支付价款并接受该房屋产权的书面协议。　　商品房预售合同是一种诺成性合同，即合同的成立不以交付标的物为前提，只要预售人和承购人就合同的主要条款达成书面协议，则具有法律效力，产生合同的法律后果，合同双方当事人都应当履行合同规定的义务。
　　商品房预售合同是有偿的双务合同，指双方的权利义务是互相对应的，预售人的义务就是承购人的权利，一方履行的义务以他方应履行的义务为条件。承购人一方履行交付一定数额价款的义务，而应按约定接受竣工房屋并取得所有权;预售人一方享有收受价款的权利，也应按约定将竣工房屋转移给承购人，进行产权过户登记手续而丧失其所有权。
显然，这种互负债务的，没有先后履行的顺序，应当同时履行，承购方在预售方履行之前有权行使抗辩权，拒绝其履行要求，或者在对方履行债务不符合约定的时候，有权提出拒绝其相应的履行要求。
对预售方而言，反之亦然。