请问跟单位签了三年的劳动合同，约定若在合同期内提出辞职不仅要扣除一个月工资而且还赔偿单位所交的所有社保和公积金，单位这样做合法吗？

1、首先，由于劳动者违反劳动合同有关约定而给用人单位造成经济损失的，应依据有关法律、法规、规章的规定和劳动合同的约定，由劳动者承担赔偿责任。
2、就您的情况看，单位除了培养费以外不能举证存在其它损失，因此劳动仲裁委依据劳动合同条款裁决支付赔偿金的依据不充分。理由是：劳动合同中并没有明确约定提前解除应当支付违约金。虽然有“应赔偿单位因培养造成的损失,金额为:1)合同期月平均公司的三倍,2)本协议任期未满期间每月500元”这句话，但同时有“因培养造成的损失”的字眼，我对本条的理解是属于培训费赔偿的约定，后面“1)合同期月平均公司的三倍,2)本协议任期未满期间每月500元”是对培训费赔偿方式的约定，应理解为两种方式可任选一种。
3、按照原劳动部的规定，要求培训费赔偿必须是用人单位实际出资对职工进行各类技术培训，且有支付货币凭证的情况下才受支持。但如您所说的，既然不存在技术培训，当然无需向单位支付所谓的培养赔偿费。建议您到法院起诉。

1.用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同，视为已订立无固定期限劳动合同，用人单位无需再支付用工之日起满一年后未订立书面劳动合同的二倍工资。
2.若公司无合法理由辞退员工，是违法解除劳动合同，应每工作一年支付2个月工资作为赔偿金。以员工离职前12个月的平均工资计算工资标准，是全部工资的平均。
3.若是您个人主动要求离职的，没有赔偿金；
4.没有买社保，深圳的实践做法是员工不能直接以此被迫提出离职，员工要发函给公司，要求公司补交社保，若公司在一个月内没有补交，员工再可以以此提出离职， 要求经济补偿金，每工作一年一个月工资。
5.若因公司没有买医保，造成员工无法报销，公司应在医保报销范围内赔偿员工。

住房公积金的定义　　住房公积金是单位及其在职职工缴存的长期住房储金，是住房分配货币化、社会化和法制化的主要形式。住房公积金制度是国家法律规定的重要的住房社会保障制度，具有强制性、互助性、保障性。单位和职工个人必须依法履行缴存住房公积金的义务。这里的单位包括国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体。　　职工有下列情形之一的，可以提取职工住房公积金账户内的存储余额：　　
(一)购买、建造、翻建、大修自住住房的;　　
(二)离休、退休的;　　
(三)完全丧失劳动能力，并与单位终止劳动关系的;　　
(四)出境定居的;　　
(五)偿还购房贷款本息的;　　
(六)房租超出家庭工资收入的规定比例的。　　依照前款第
(二)、
(三)、
(四)项规定，提取职工住房公积金的，应当同时注销职工住房公积金账户。职工死亡或者被宣告死亡的，职工的继承人、受遗赠人可以提取职工住房公积金账户内的存储余额;无继承人也无受遗赠人的，职工住房公积金账户内的存储余额纳入住房公积金的增值收益。　　职工提取住房公积金账户内的存储余额的，所在单位应当予以核实，并出具提取证明。　　职工应当持提取证明向住房公积金管理中心申请提取住房公积金。住房公积金管理中心应当自受理申请之日起3日内作出准予提取或者不准提取的决定，并通知申请人;准予提取的，由受委托银行办理支付手续。