公司领导让员工休息三天（其中有两天是周六周日），结果公司算旷工，旷工，自离，这样可以赔偿吗

不合法。关于旷工扣款这个要看公司规章制度是如何规定的，每个单位情况不一样，以实际情况为准。而且规章制度必须经过了民主程序，必须公示。劳动法和劳动合同法都没有对旷工行为如何处理的规定，只是规定对员工违反企业规章制度的违纪行为企业有权做出相应的处理，单位的规章制度要经过民主程序进行公示，而且必须是合法有效并且已经送达给员工的，这样才有效。
规章制度对旷工行为概念和发生旷工有明确规定的，按具体的处理规定结合员工的实际旷工行为进行处理。关于违约金和罚金的问题，首先从2008年1月1日后除了培训费和竞业禁止或给单位造成直接经济损失外员工不承担其他违约责任。
还有罚金的问题首先针对旷工当日的工资单位依法不予发放，但是额外扣的罚款就没有依据了。所以综上所述，单位有权决定扣款标准，但是那个旷工每天算三天，额外扣20%是不合法的，只能对旷工当日的工资不予发放，除此之外的扣罚就是没有法律依据的。

根据劳动部的《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》，对解除劳动合同的经济补偿的具体办法是：经劳动合同当事人协商一致，由用人单位解除劳动合同的，用人单位应根据劳动者在本单位工作年限，每满1年发给相当于1个月工资的经济补偿金，最多不超过12个月。工作不满1年的按1年的标准发给经济补偿金。

员工擅自离职怎么处理，　　劳动者擅自离职是指其未向用人单位提出口头或书面辞职报告，而随意离开所在单位及其所担任的工作职务或岗位的违法违约行为。　　因此，用人单位应当在教育劳动者自觉守法、守约的同时还应依据《劳动合同法》第4条和第39条第2项的规定制定好内部规章制度，对劳动者擅自离职的行为作出限制性和处罚性的规定。　　这种违法的行为往往会给用人单位造成经济损失，因此用人单位还应依据《劳动合同法》第17条第2款和第90条的规定，在劳动合同中与劳动者约定针对擅自离职行为的损失赔偿条款，能计算出损失额的，可要求其按实际损失额赔偿，无法计算损失额的，可约定一个具体的索赔数额。还可依据该法第91条的规定，要求招用该擅自离职、尚未与本单位结束劳动关系的劳动者的用人单位承担连带赔偿责任。　　相关知识延伸阅读：违约离职会有什么后果　　《劳动法》第102条规定：劳动者违反本法规定的条件解除合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任。根据劳动部1995年5月10日发布的《违反amp;lt;劳动法amp;有关劳动合同规定的赔偿办法》第4条规定，劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同应赔偿用人单位下列损失：　　
(1)用人单位招收录用其所支付的费用。　　
(2)用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理。　　由于用人单位对劳动者进行职业培训系执行法定义务，加之劳动者经培训后通过劳动已为单位创造了一定价值，因此，培训费用的赔偿应当依据培训费的总额及劳动合同期限和劳动者为用人单位实际服务的时间来合理确定数额。　　
(3)对生产、经营和工作造成的直接经济损失。即用人单位既得利益的损失。　　
(4)劳动合同约定的其他赔偿费用。　　此外，根据劳动部的有关规定，如果用人单位招用尚未解除劳动合同的劳动者，对原用人单位造成经济损失的，除该劳动者承担赔偿责任外，该用人单位应当承担连带赔偿责任。其连带赔偿的份额应不低于对原用人单位造成的经济损失总额的70%。