休产假期间公司没有给发工资，现生育津贴已经打到公司账户了，请问公司扣除哪部分的金额是合法的

单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果用人单位拖欠工资，将由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动法》第九十一条　用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。

根据法律规定，用人单位可以代扣代缴的应由劳动者个人负担的社会保险费用及公积金，这属于用人单位扣除劳动者工资的合法理由。对于用人单位扣工资的行为，我们是不能一概而论的，因为其中一些扣工资的行为其实是法律允许的，也就是合法的。
当然要是认为用人单位扣工资违法的话，则一定要拿出足够的证据，不然的话就有可能承担不利的后果。

产假期间工资如何发放：

第一，保胎假，工资按照病假发

保胎假是由医生开证明，所以按病假待遇发放工资。

第二，产前假，工资按八成发。

怀孕7个月以上，如工作许可，经本人申请，单位批准，可请产前假两个半月。
部分属于地方法规规定必须给假的情况，单位应批准其休假，工资按照员工以往每月实发工资标准的八成发。

第三，产假，领生育津贴

产假包括：98天+30~60天（各省人口与计划生育条例延长生育假）+15天(难产)+15天(多胞胎每多生一个婴儿)，领生育津贴。
生育津贴是国家补贴给企业，用来发放产假期间工资的，但它的计算方法与公司在社保处的申报工资基数有关，所以实际中的生育津贴与产假工资并不相等，所以有规定：产假工资和生育津贴，就高领取。
第四，哺乳假，六个半月按照工资八成发，再延长期间按七成发。

女职工生育后，若有困难且工作许可，由本人提出申请，经单位批准，可请哺乳假六个半月，工资按员工以往每月实发工资标准的八成发，再延长期间按七成发。