与员工协商一致：员工在专项培训期间，公司将从员工工资中每月扣除10%作为培训费用，，扣满3000元为止，待服务器满，再返还给员工。

你在公司工作，你和公司建立了劳动关系，你和公司的纠纷属于劳动纠纷。
一、根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，在试用期内，你提前3日书面通知公司可以辞职。一般情况下，你依法提前3日向公司提出辞职，公司不得从你的工资中扣除培训费用。
二、但根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条的规定，如公司为你提供了专项的培训，支出了培训费用并且你和公司签订的培训协议或劳动合同约定了工作不满一年的情况下需要向公司支付培训费1000元的，公司有权要求你支付培训费。但你需要向公司支付的培训费用不得超过一年期限未履行部分所应分摊的公司已经支付的培训费用。
三、所以，假如你和公司签订的培训协议或劳动合同中没有约定你工作不满一年需要支付培训费用或者虽然签订了培训协议，但培训协议属于一般性岗前培训或者公司没有支付培训费用的，公司不得从你的工资中扣除培训费用。
四、如公司支出的培训费用不足1000元或者一年期限未履行部分所应分摊的公司已经支付的培训费用低于1000元的，公司也不得从工资中扣除1000元，公司只能扣除根据实际支出的培训费用以及你已经工作的期限计算出的你应该分担的培训费。
五、譬如，公司为你支出了1000元的培训费，你工作了六个月，这时候你辞职，公司只能扣除500元的培训费，而不能扣除你1000元的培训费。

对于公司扣工资的问题，如果公司是以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬的，要承担刑事责任。
法律依据： 我国刑法第二百七十六条之一规定：以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

辞职要扣培训费用合理吗？ 　　用人单位可以与该劳动者订立协议，但是约定服务期的培训是有严格的条件的。 　　
(一)用人单位提供专项培训费用 　　
(二)对劳动者进行的是专业技术培训 　　
(三)至于培训的形式，可以是脱产的，半脱产的，也可以是不脱产的 　　第二十二条规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。 　　劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。 　　违约金是劳动合同双方当事人约定的结果。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。体现了合同中的权利义务对等原则，所谓“对等”，是指享有权利，同时就应承担义务，而且，彼此的权利、义务是相应的。这要求当事人所取得财产、劳务或工作成果与其履行的义务大体相当。 　　违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。 　　即违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。 　 因此，如果用人单位和劳动者约定了服务期，然后违约的，用人单位可以要求支付不超过培训费用的违约金。