企业制定工资支付制度的方式为:应当根据本单位的生产经营特点和经济效益等因素,根据《工资支付暂行规定》通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度。工资水平在经济发展的基础上逐步提高,国家对工资总量实行宏观调控。
法律依据:《中华人民共和国劳动法》第四十七条
用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益,依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
《工资支付暂行规定》第十七条
用人单位应根据本规定,通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度,并告知本单位全体劳动者,同时抄报当地劳动行政部门备案。