公司要求签订协议，无辜旷工三天，自愿放弃在职期间的全部工资，作为公司的处罚。这合理吗？

若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。

按单位规章制度执行

法律分析：主要看用人单位的规章制度。国家相关法律的规定中对旷工处罚没有具体标准，应当由用人单位在依法制定规章制度中规定处罚办法。如果因为旷工给用人单位造成经济损失的，用人单位可以要求赔偿。如果严重违法用人单位规章制度的，可以辞退。法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。