劳动合同的违约金是按照用人单位与劳动者的约定来计算的。如果双方约定不明的,可以协议补充或者按照其他条款、当地的习惯等因素来确认;或者也可以依法申请仲裁机构或法院来确定。
法律依据:《中华人民共和国
劳动合同法》第二十二条
用人单位为劳动者提供专项培训费用,对其进行专业技术培训的,可以与该劳动者订立协议,约定服务期。
劳动者违反服务期约定的,应当按照约定向用人单位支付违约金。
违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
第二十五条
除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外,用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。