公司因违规经营造成财产损失，自身受伤，公司申请工伤保险，现罚款28000元，合理吗？

根据公司规章制度确定

按照用人单位依法制定的规章制度处罚
和工资是多少没有关系
并且劳动合同有约定的话，罚款少于用人单位的损失，用人单位还可以追究
工资支付暂行规定
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

一方面，申请工伤认定会影响公司的工伤保险费率。
另一方面，很可能是单位没有给劳动者购买工伤保险，这样所有的工伤待遇就都需要用人单位承担。用人单位通过提起复议、申请仲裁、起诉、上诉等过程，这样一个完整的工伤赔偿流程走下来少则数月多则几年，给劳动者产生了巨大压力，劳动者就很可能在仲裁、诉讼过程中与用人单位达成和解，以较少的赔偿额进行赔偿。
法律依据：《工伤保险条例》 第十七条 职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。