工程款结算纠纷处理方式如下:双方进行协商;协商不一致的话,可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。我国法律规定,工程价款结算应按合同约定办理,合同未作约定或约定不明的,发、承包双方可以按国家有关法律、法规和规章制度协商处理。法律依据:《建设工程价款结算暂行办法》第十一条
工程价款结算应按合同约定办理,合同未作约定或约定不明的,发、承包双方应依照下列规定与文件协商处理:
(一)国家有关法律、法规和规章制度;
(二)国务院建设行政主管部门、省、自治区、直辖市或有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法等有关规定;
(三)建设项目的合同、补充协议、变更签证和现场签证,以及经发、承包人认可的其他有效文件;
(四)其他可依据的材料。