去年6-9月请了三个月的病假，单位规定病假每天扣除绩效50元。一直扣到现在都还没有扣完？都跨一年多扣绩效了，这样合法吗？

绩效工资设计的基本原则是通过激励个人提高绩效促进组织的绩效。即是通过绩效工资传达企业绩效预期的信息，刺激企业中所有的员工来达到它的目的；使企业更关注结果或独具特色的文化与价值观；能促进高绩效员工获得高期望薪酬；保证薪酬因员工绩效而不同。
与利益不挂钩的考核是没有意义的，员工的工资一般都会为两个部分：固定工资和绩效工资。绩效工资的分配与员工的绩效考核得分息息相关，所以一说起考核，员工的第一反应往往是绩效工资的发放。

绩效工资是奖金的另一种称呼，是指单位在基本工资之外额外支付的工资，所以因为员工工作原因全部扣除绩效工资是合理合规的。是否合法应由以下因素决定：
1、关于扣减绩效的规定是否经过职代会或者全体职工大会通过，假如没有，这项规定就不合法。《劳动法》和《劳动合同法》中有规定。
2、你在入职前公司是否告知你关于绩效工资如何扣减的规定，假如没有，这项规定对你来说不合法。《劳动合同法》中有规定。
3、关于扣减职工绩效工资是否向职工告知并提出绩效改进方案，假如没有虽然合法但不合理。以上三条若公司有一条没有做到你就可以向当地劳动仲裁委员会或者法院提起诉讼。

涉及情况很多，需要具体情况具体分析。例如：职工病假工资怎么计算？企业应依据劳动法及相关解释：
第五条职工患病，医疗期内停工治疗在6个月以上的，其病假工资按以下办法计发：
(一)连续工龄不满10年的，按本人工资的60%发给;
(二)连续工龄满10年不满20年的，按本人工资的65%发给;
(三)连续工龄满20年及其以上的，按本人工资的70%发给。
职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费：
①连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发；
②连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发；
③连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。
如果职工请假过长不应当享受带薪年假，具体的情形如下：
1)职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数的；
2)职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的;
3)累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的;
4)累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的;
5)累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。