签订保底协议，没做满一年保底要扣除，我只做了半年就辞职了，当时不知道，后来就跟我说半个月工资没有了，保底两个月还不给买社保。

劳动法规定，劳动者为用人单位付出劳动后，就相应地有获得劳动报酬的权利。这是劳动法赋予劳动者的基本权利之一。因此，我为公司工作了，公司就必须为你支付工资，如果不支付工资，是违法的。
即使是自动离职，但毕竟你是为公司工作过，同样需支付你工资。公司可因你的自动离职作适度的工资扣减，但这必须建立在合乎程序的规章制度度之下，比如规章制度经民主程序讨论经大部分职工认可，进行公示，员工入职有进行培训并签名确认等，或者劳动合同中有约定。
否则公司就不能随便扣减员工工资，因为公司没有行政处罚权。而至于扣减工资，一般不能超过20%，或扣减后所剩工资不得低于最低工资标准。
按劳动合同法第三十八条，以用人单位存在严重过失为由提出辞职，比如没签劳动合同，没购社保，拖欠或克扣工资，规章制度严重违反国家制度或严重损害员工利益等。
这种辞职可要求给予经济补偿。
依据劳动合同法第三十七条规定，只要员工提前三十天通知公司作出离职，即使公司不批准并不进行工作交接，于三十天后，员工照样可以正常辞职。