我父母很早在农村自己修了一套房,现在在城市里买了一套商品房,一次性付款,今天去办房产证被告知买的商品房算第二套房,工作人员从电脑上查得我父母已有一套房,但我爸爸说农村的房并没有房产证,只有土地使用证,请问这是怎么回事?

小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发的，亦称“乡产权房”。“小产权房”不是法律概念，是人们在社会实践中形成的一种约定俗成的称谓。
该类房没有国家发放的土地使用证和预售许可证，购房合同在国土房管局不会给予备案。所谓产权证也不是真正合法有效的产权证。

从国家法律政策来讲，没有产权证的房产是不允许交易的。因为我国规定，房产买卖以办理权属转移登记(也就是所谓的“过户”)为准，没有产权证的房产是不可以办理过户的，国家不保护不过户的房产交易。
建议不要购买这类房子，因为没有产权证将不能贷款、不能过户、也不能办理公证，所签署的协议也是无效的。

商品房是指在市场经济条件下，具有经营资格的房地产开发公司(包括外商投资企业)通过出让方式取得土地使用权后经营的房屋，均按市场价出售。那么，商品房的房产证到底由谁办，　　商品房的房产证到底由谁办，具体操作流程如下：　　
一、买房人是申办法定义务人　　《城市房地产开发经营管理条例》第三十三条规定：“预售商品房的购买人应当自商品房交付使用之日起90日内，办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续;现售商品房的购买人应当自销售合同签订之日起90日内，办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续。”根据该条例的规定，《城市房屋权属登记管理办法》和《城市商品房预售管理办法》均相应规定房屋权属登记由权利人(承购人)提出申请。因此，房屋买受人是申请办理房屋所有权证的法定义务人。当然，如果房屋买受人与开发商(出卖人)在购房合同中明确约定由开发商代为办理产权证，则开发商负有代为申请办理产权证的义务，开发商不履行该项办证义务时，依法应当承担违约责任。　　
二、　开发商有协助义务　　由于办理房屋产权证所需要的许多有关的证明文件均需要开发商提供，而且如果开发商欠缺该类文件没能办理初始登记的话，买受人的房屋产权证根本无法办理，因此，《城市房地产开发经营管理条例》还规定了“房地产开发企业应当协助商品房购买人办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续，并提供必要的证明文件。”从而明确了开发商对买受人申请办理产权证负有的协助义务。《商品房销售管理办法》第三十四条进一步明确了该项协助义务，规定房地产开发企业“应当在商品房交付使用前按项目委托具有房产测绘资格的单位实施测绘，测绘结果报房地产行政主管部门审核后用于房屋权属登记”，并且“应当在商品房交付使用之日起60日内，将需要由其提供的办理房屋权属登记的资料报送房屋所在地房地产行政主管部门。”该办法还规定了开发商不履行该义务时应承担的接受警告、罚款和责令限期改正的行政责任。