我在苏州上班，现在怀孕了，医生开了假条要休息，四月份一共上了三天班，今天发工资老板说只发三天工资，还有之前做错的要扣500快，我还要倒贴钱，这合法吗？我签订劳动合同但只有一份在公司那，已经工作三年了，加班没有加班工资，也不按照国假放假，我可以去劳动仲裁吗？

如果是标准工时制员工，工厂放假应该第一个月照常发工资，第二月后一般按不低于当地最低工资标准80%发放。
如果不发工资，可以到劳动监察投诉或申请劳动仲裁（免费）。

相关法规参考：
《工资支付暂行规定》 第十二条
非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。

加班费是否应该缴纳社保？两者之间没有必然联系。
社保缴费是指参加各类社保保险并缴纳保费的行为。一般情况下特指社会统筹的养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险的缴费。
社保缴费分为两部分：单位缴纳部分和个人缴纳部分。加班费是指劳动者按照用人单位生产和工作的需要在规定工作时间之外继续生产劳动或者工作所获得的劳动报酬。
劳动者加班，延长了工作时间，增加了额外的劳动量，应当得到合理的报酬。
对劳动者而言，加班费是一种补偿，因为其付出了过量的劳动；对于用人单位而言，支付加班费能够有效地抑制用人单位随意地延长工作时间，保护劳动者的合法权益。

劳动者和用人单位建立劳动关系，劳动合同没变更，劳动者的工资涨了，应当按照实际的工资状况支付加班费。　　职工加班费的基数可以由企业和职工协商来确定，否则企业应按照劳动者本人正常劳动应得的工资确定。企业计算加班工资的工资基数，首先应当按照劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。如果劳动合同、集体合同没有约定的，职工代表可与用人单位通过工资集体协商确定，协商结果应签订工资集体协议（用人单位经批准实行不定时工作制度的，则不执行上述规定）。日工资计算是以基数除以每月平均制度工作天数
21.75天（有些企业为方便，按每月21天计算）。　　《工资支付暂行条例》　　第十三条用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：　　
（一）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资；　　
（二）用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资；　　
（三）用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。　　实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。　　经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。　　实行不定时工时制度的劳动者，不执行上述规定。　　第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。　　第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。