员工在公司辞职扣1000元工资怎么办

劳动合同法关于克扣工资的规定
克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)公司依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。
根据劳动部《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》(劳部发[1995]226号)，“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬。
第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。 用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

《中华人民共和国劳动法》第九十九条用人单位招用尚未解除劳动合同的劳动者，对原用人单位造成经济损失的，该用人单位应当依法承担连带赔偿责任。违反《劳动法》有关劳动合同规定的赔偿办法。　　第六条用人单位招用尚未解除劳动合同的劳动者，对原用人单位造成经济损失的，除该劳动者承担直接赔偿责任外，该用人单位应当承担连带赔偿责任(用人单位承担的连带赔偿份额应不低于对原用人单位造成经济损失总额的百分之七十；)。其连带赔偿的份额应不低于对原用人单位造成经济损失总额的百分之七十。向原用人单位赔偿下列损失：　　
(一)对生产、经营和工作造成的直接经济损失；　　
(二)因获取商业秘密给原用人单位造成的经济损失。　　赔偿本条第
(二)项规定的损失，按《反不正当竞争法》第二十条的规定执行。　　相关知识　　什么情况员工可随时辞职：　　
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；　　
(二)未及时足额支付劳动报酬的；　　
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的；　　
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；　　
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；　　
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。　　用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位，也就不用等一个月了。

辞职不会被扣工资，提前三十日书面提交辞职书即可，根据规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。用人单位以辞职为由扣工资可以到当地劳动监察大队投诉。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。